这个过程叫做富集峰注释(peak annotation,图2)。如果仅关注某几个区域,就不需要用软件注释,建议直接用IGV或者UCSC Genome Browser查看。 富集峰注释的难点 虽然CHIP-Seq已经有近20年的历史,然而由于基因组上基因的结构非常复杂,不同注释软件在具体细节处理上往往不同,从而导致同一批数据,用不同的软件进行注释,获得的...
meme也可以做 ,首先利用.bed获取.fa序列: https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline/blob/master/CHIPseq/step7-peaks2sequence.R ##usage: Rscript peakView.R peaks.bed IP.sorted.bam input.sorted.bam 10#options(echo=TRUE) # if you want see commands in output fileargs<-commandArgs(trailingOnly...
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...
这也就决定了ATAC-seq与Chip-seq call出来的peak代表的意义不同。Chip-seq peak是被目的蛋白结合拉下来的DNA,一般只有一个峰,而ATAC-seq是被Tn5转座酶切开、没有被组蛋白结合、染色质开放的DNA位点,如果是TF结合的区域,一般会有一个山谷般的存在。ChIP-seq和ATAC-seq在TF或者Tn5结合区域都会形成一个双峰的reads...
step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学分析的整合 上游的预处理部分与 RNA-seq 的差不多,可以参考我之前的文章:https://yuanj.top/posts/z6q5z7s5/ 版本信息 成都理工大学超算平台 Red Hat 4.8.5-36 ...
ATAC-seq高级分析 ATAC-seq的主要功能是揭示转录调控的各个方面,其第三步分析要在4种水平对结果进行分析和解释:1. Peak注释和差异Peak分析;2. Motif分析;3. 核小体占位分析;4. 转录因子足迹分析。 一 Peak注释和差异Peak分析 一般情况下,软件会关联Peak与其最近...
ATAC-seq有一个特点:两个接头置换出来的有可能是开放性染色质的区域,也有可能是转录因子上的DNA序列。这一点从上图中就可以看出来。所以在ATAC-seq的峰中,既有对应开放性染色质的,也有对应核小体的DNA片段上的。 ATAC-seq的实验流程:裂解细胞获得细胞核→使用Tn5转座酶酶切并纯化,最后回收DNA片段→PCR扩增→测...
step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学分析的整合 上游的预处理部分与 RNA-seq 的差不多,可以参考我之前的文章:https:///posts/z6q5z7s5/ 版本信息 成都理工大学超算平台 Red Hat 4.8.5-36 ...
为了验证细胞类型注释,我们使用了R package Cicero(5)来计算来自胚胎和成年小鼠组织的单个细胞ATAC-seq数据的基因活性(GA)评分。为了计算GA分数,峰至基因注释和tSNE坐标(作为reduced_coordinates)直接从Cell Ranger ATAC输出中获得。使用strategy 3识别出的兴奋性神经元、抑制性神经元和各种胶质细胞类型的已知标记(图3C)...