通过Atac-seq技术,可以对基因组的DNA序列进行高效测序和分析,从而揭示出基因组中的转录因子结合位点以及启动子和增强子的位置,对于理解基因调控网络、基因表达调控等方面具有重要的意义。Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研...
单细胞 ATAC-seq(scATAC-seq)能够测量单细胞水平的染色质开放信息,是用于研究基因调控和细胞异质性的重要方法之一。细胞注释是 scATAC-seq 数据分析中非常重要的一步,然而,scATAC-seq 数据由于其高维度、高稀疏度、高噪音的特点,使得细胞注释较为困难。大多数现有的注释方法基于多模态整合,容易受到批次效应的影响,并且...
grepl('_',seqlevels(peak))seqlevels(peak,pruning.mode="coarse")<-seqlevels(peak)[keepChr]peakAnno<-annotatePeak(peak,tssRegion=c(-3000,3000),TxDb=txdb,annoDb="org.Mm.eg.db")peakAnno_df<-as.data.frame(peakAnno)promoter<-getPromoters(TxDb=txdb,upstream=3000,downstream=3000)tagMatrix<-ge...
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 打开绘图页面首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和...
loc[atac.obs.index]['C_scANVI'] refine the cell type labels at the leiden cluster level, and save the result. 根据leiden cluster手动注释细胞类型 代码语言:javascript 复制 from collections import Counter cell_type_labels = np.unique(atac.obs['cell_type']) count_table = {} for cl, ct ...
解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细胞簇进行注释。由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞ATAC-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素(unintuitive cis- and trans-regulatory ),因此单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型标注具有挑战性。本技术说明探索并演示了三种不同的策略,这些策略对于在单个细胞ATAC-...
single nucleosome, so they are longer than 147 bp but shorter than 147*2 bp. Good ATAC-seq ...
主要是ChIP-seq(immunological assays)占了很大一类,把它搞懂就行。 另一类non-immunological assays:ATAC-seq, MNase-seq, DNase-seq, and FAIRE-seq。 DHSs DNase I hypersensitive site DNase-seq FAIRE-Seq is a successor genome-wide DNA footprints ...
从原始数据到ATAC-seq峰识别定量与注释和差异结果的整合软件是由上海印序生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1385778,属于分类,想要查询更多关于从原始数据到ATAC-seq峰识别定量与注释和差异结果的整合软件著作的著作权信息就到天眼查官网!