grepl('_',seqlevels(peak))seqlevels(peak,pruning.mode="coarse")<-seqlevels(peak)[keepChr]peakAnno<-annotatePeak(peak,tssRegion=c(-3000,3000),TxDb=txdb,annoDb="org.Mm.eg.db")peakAnno_df<-as.data.frame(peakAnno)promoter<-getPromoters(TxDb=txdb,upstream=3000,downstream=3000)tagMatrix<-ge...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。bioinformatics.com.cn/b 图3. 注释页面 2,示例数据点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。示例数据包括4列,分别为:chr,...
Peak注释结果如图5,根据与基因转录起始位点(TSS)的距离,peak可以被注释为3类:启动子区域(promoter), 末端区域(distal)和基因间区(intergenic)。 图5 peak注释结果 细胞分群结果(图6)是根据细胞间peak分布情况的异同进行分群。 图6 细胞分群tsne图 6 应用 单细胞ATAC-seq是研究表观遗传学调控的利器,该技术经常被...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
ref: ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程 Peak 对应的基因注释 这个一般将bed输入Great网站做就好,不同于传统的费舍尔精确检验,功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的。需要注意的是,你输入的peak最好是有名字的,就是说,bed文件需要加一列名字列,不然的话,就难以找到基因与peak的对应关系。你还需要注意...
ATAC-seq高级分析 ATAC-seq的主要功能是揭示转录调控的各个方面,其第三步分析要在4种水平对结果进行分析和解释:1. Peak注释和差异Peak分析;2. Motif分析;3. 核小体占位分析;4. 转录因子足迹分析。 一 Peak注释和差异Peak分析 一般情况下,软件会关联Peak与其最近...
一旦注释到基因或增强子的基因,我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。 (功能注释、表达变化、其他表观遗传状态)。 2. 基因注释 将无核小体区域注释到基因的一种简单方法是将区域与其最近的基因或在基因转录起始位点周围的窗口内相关联。我们可以使用 chipseeker 库来识别最接近我们区域的基因,并为...
图4 ATAC-seq数据在TSS附近的分布密度图 3全基因组Peak关联基因筛选 我们根据Peak区域与基因组上各基因功能元件的距离关系,对Peak区域进行注释:Peak区域是否在TSS、Exon、5’ UTR、3’ UTR、Intronic或Intergenic区。 图5 Peak区域注释分类图 4转录因子Motif分析 ...
简单来说,AtacAnnoR主要利用两轮注释的方法,从而避免批次效应和跨模态细胞注释。 首先,scATAC-seq的peak计数矩阵被处理成两个矩阵,一个是基因活性矩阵(代表基因层面的信息),另一个是经过NMF降维的meta-program矩阵(代表整个基因组开放的信息)。 第一轮注释主要是在基因层面的注释。首先针对参考的scRNA-seq进行差异分析...