此处的峰值表示Rbfox3基因的开放染色质信号,该基因在脑组织中表达最高。 ◆ Active Motif ATAC-Seq试剂盒和IIIumina Nextera Kit的数据具有很高相关性 ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,与IIIumina Nextera Kit数据具有很高相关性。 图3:使用Active Motif的ATAC-Seq试剂盒与Next...
4.1 理解峰值 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵,原始矩阵和归一化矩阵,主要包括两组峰值: “癌症类型特异性峰值集”,包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。在至少两个样本中观察到了这些峰值,其数值为百万分。>=5>=5 “泛癌峰值集”代表所有癌症类型的可重复峰,然后可用于跨癌比较。 如果我们检查这两个...
2、生成转录因子结合区域的特征(footprinting):转录因子结合在DNA上后,它占有的空间阻碍了转座酶Tn5酶切在其他无核小体区域,这样就会留下一个一个小区域,称为足迹(footprint),在这些区域中,reads由高覆盖率峰值突然下降。所以ATAC-seq footprints可以帮助我们...
图2:ATAC-Seq试剂盒用于检测集中小鼠组织样本的全基因组开放染色质状态。此处的峰值表示Rbfox3基因的开放染色质信号,该基因在脑组织中表达最高。 ◆ Active Motif ATAC-Seq试剂盒和IIIumina Nextera Kit的数据具有很高相关性 ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,与IIIumina Nextera K...
在使用Signac进行峰值检测之前,您需要先安装MACS2。您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac)library(Seurat)pbmc<-readRDS("../vignette_data/pbmc.rds")DimPlot(pbmc) ...
在peak峰值中心300 bp窗口中鉴定新motif,说明miNSC10和SCR029细胞都富集了类似的属于多个TF家族的TF结合motif,TF家族包括Sox、bHLH (Ebox)、Pou3f、homeobox、Nfi和Rfx(图8c)。相应地,RNA-seq数据显示,与MEF相比,这些TF基因家族的多个成员在miNSC10和SCR029细胞中上调或高表达。qRT-PCR证明,除了Sox2之外,Sox5、6...
其中使用熵和信息增益来计算两组小区之间的差异可访问峰值。研究人员将Scasat应用于细胞混合物,将这些细胞去卷积成不同的组。分析的初步结果表明,批次效应混淆了生物信号,这阻碍了细胞分类成不同细胞类型。因此,进一步开发Scasat以克服这种批次效应问题。最终结果显示,基于可接近的染色质区域的无监督聚类细胞可以将细胞...
图7. ATAC-seq 峰值与基因的生物信息学关联分析[9] 5. ATAC与在胚胎发育和免疫系统疾病中的应用 2018年,郑州大学第一附属医院徐家伟等在Nature杂志上发表了题为“Chromatin analysis in human early development reveals epigenetic transiti...
排除潜在的遗传和环境差异的影响,从AMD状态不对称的眼睛(图2c)分析,发现与患病程度较轻的眼睛相比,较严重的眼睛黄斑视网膜的大量峰值(76.7%)的强度降低(图2d)。对于双眼处于同一疾病阶段的供体,其黄斑视网膜的染色质可及性轮廓高度对称(图2e)。这项分析证实,染色质可及性的广泛下降与AMD的进展有关。在所有AMD...
与ChIP-seq不同,ATAC-seq的Tn5转座酶酶切的是染色质开放区域,在TF结合区域的DNA是拉不下来的(反映在峰图上是一个谷,ChIP-seq是一个峰),因此在调整峰值偏移(peak shift)的时候,一般用shift-extend的方法进行分析,ATAC-seq需要向外shift。如下图: 比如我们测序reads长度是150bp,两条reads的5‘端代表Tn5的酶...