ChIP-seq和ATAC-seq在TF或者Tn5结合区域都会形成一个双峰的reads结合模式,ChIP-seq是由于TF一起沉淀下来的DNA片段一般会大于TF的结合区域,read的位置并不是真实的TF结合的位置,需要向内shift; 而ATAC-seq建模的时候也需要shift,使两个“相邻”的峰shift成一个峰,但是要往两边shift. 以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应...
在ATAC-seq诞生技术以前,也有很多别的实验方法来研究开放染色质区域,图2总结了多种研究染色质结构的实验方法比较。 ChIP-seq: 经典研究转录因子与DNA结合的方法,利用超声波打断染色质,但是通量较低。需要使用特异性的蛋白抗体来富集其结合的DNA,一次反应只能提供一个转录因子的DNA结合信息。而且制备时间较长,需要3-4...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀 (ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的...
研究通过 ATAC-seq 与 RNA-seq 绘制了恒河猴大脑的解剖学综合转录组图谱和大脑皮层的染色质可及性图谱。首先对恒河猴大脑52个区域的416个样本进行了RNA测序(RNA-seq),揭示不同大脑区域之间的转录组差异,并比较恒河猴大脑与人类大脑在不同大脑区域的转录组学特征。此外利用ATAC-seq技术分析了恒河猴大脑的不同大脑...
ATAC-seq分析:TSS 信号(7) ATACseq - 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 1. 数据类型 上面这意味着我们的数据中可能包含多种信号类型。 我们将从无核小体区域和转录因子(我们的较短片段)周围获得信号。
对未受伤心肌和梗塞区的心脏成纤维细胞进行了ATAC-seq分析(图3),来研究在MI后心脏成纤维细胞的激活和分化过程中染色质的可及性。结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC...
研究通过 ATAC-seq 与 RNA-seq 绘制了恒河猴大脑的解剖学综合转录组图谱和大脑皮层的染色质可及性图谱。首先对恒河猴大脑52个区域的416个样本进行了RNA测序(RNA-seq),揭示不同大脑区域之间的转录组差异,并比较恒河猴大脑与人类大脑在不同大脑区域的转录组学特征。此外利用ATAC-seq技术分析了恒河猴大脑的不同大脑...
ATACseq 应该在较小的保护区(如转录因子结合位点)周围生成较短的片段(我们的无核小体区域)。 因此,我们可以在不同组织/细胞类型/样本中寻找围绕感兴趣基序的切割位点堆积。 为了从我们的 BAM 文件中生成切割位点,我们首先将读取大小调整为 1bp,并根据链进行 4/-5 bp 的偏移,以调整插入 Tn5 转座酶的预期偏移...
启动子附近染色质的开放可能通过促进RNA聚合酶II的结合,或通过增强转录激活物或阻遏物的结合来促进基因表达;作者通过ATAC-seq和RNA-seq联合差异分析,鉴定了与表达改变相关的染色质可及性发生干旱诱导变化的基因(图5A)。其中,共有240个基因被鉴定为染色质可及性上调和表达水平上调(图5A),表明这些基因的产物可能在干旱...