ChIP-seq和ATAC-seq在TF或者Tn5结合区域都会形成一个双峰的reads结合模式,ChIP-seq是由于TF一起沉淀下来的DNA片段一般会大于TF的结合区域,read的位置并不是真实的TF结合的位置,需要向内shift; 而ATAC-seq建模的时候也需要shift,使两个“相邻”的峰shift成一个峰,但是要往两边shift. 以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
因此,在scATAC-seq数据分析中,blacklist_ratio可以用来评估每个单细胞ATAC-seq数据的质量,如果一个细胞的blacklist_ratio很高,说明这个细胞的ATAC-seq信号被大量地过滤掉,可能需要进一步的筛选或者数据处理来获得更好的结果。 # nucleosome_signal:(核小体信号)是指某个基因组区域在ATAC-seq实验中被核小体所保护的程...
在ATAC-seq诞生技术以前,也有很多别的实验方法来研究开放染色质区域,图2总结了多种研究染色质结构的实验方法比较。 ChIP-seq: 经典研究转录因子与DNA结合的方法,利用超声波打断染色质,但是通量较低。需要使用特异性的蛋白抗体来富集其结合的DNA,一次反应只能提供一个转录因子的DNA结合信息。而且制备时间较长,需要3-4...
这种图主要看分布的趋势,NRF序列在TSS附近是富集的,如上图红色的峰所示。核小体边界的序列在TSS附近出也呈现了富集,但是峰值和NRF的不同。 3. ATAC揭示了转录因子结合位置与核小体的距离 利用转录因子的chip_seq数据,分析了ATAC数据中各个转录因子与核小体不同距离内序列的分布情况,结果如下 热图的每一行代表一...
ATAC通过tn5转座酶来富集开放染色质区域的DNA序列,经PCR扩增后进行NGS测序,实验流程如下图所示 相比DNase-seq, FAIRE-seq, 该技术要求的细胞起始量低,而且文库构建耗时短,统计结果如下图所示 上图中的左侧描述了不同实验方法所需的细胞起始量,可以看到ATAC所需细胞最少,右侧描述了文库构建时间的长短,可以看到ATAC在...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。
植物由多种多样且特化的细胞类型组成,不同细胞类型的独特生物学功能的获得是细胞类型特异性转录程序建立的结果。本研究对拟南芥根进行单核RNA测序(sNucRNA-seq) 和单核转座酶可及染色质测序 (sNucATACseq) 测序,与已发表的原生质体转录组进行比较,验证了使用细胞核作为生物实体来建立植物细胞类型特异性转录组的可行性...
图1:实验方案,恒河猴大脑图 结果图形 (1)人类和猕猴大脑之间的相似特征 为了阐明人类和恒河猴大脑之间区域表达谱的保守性,将RNA-seq数据与从PsychEncode获得的人脑数据集进行了比较。与恒河猴类似,t-SNE分析显示,来自人脑的大脑皮层倾向于按个体聚集,而纹状体、丘脑、小脑皮层等更深的结构则按区域聚集。人和恒河猴的...
ATAC-seq分析:TSS 信号(7) ATACseq - 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 1. 数据类型 上面这意味着我们的数据中可能包含多种信号类型。 我们将从无核小体区域和转录因子(我们的较短片段)周围获得信号。