首先，我们要分析拟南芥干细胞和叶肉细胞的ATAC-seq数据，为了保证环境一致性，我们将在独立的conda环境atac_test中操作。对于新手，我会特别强调软件安装的便捷工具，例如使用“软件管家”。环境创建和数据下载是基础，我们将在Windows上利用Linux子系统进行，具体如下：创建并激活环境：conda create -n atac...
单细胞ATAC测序能够通过检测染色质的开放程度探索顺势调控序列和基因表达调控,与单细胞转录组测序结合可以实现对每种细胞类型的基因调控网络、潜在的染色质结构和关键转录因子的探测。 左图为单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合:通过整合单细胞转录组和ATAC数据,确定ATAC细胞类型注释的可靠性与一致性。 右图为Peak和基因关...
SHARE-seq是可扩展的平台,用于研究组织中不同细胞之间的调控通路。 内容 SHARE-Seq用于大规模联合分析染色质可及性和基因表达 为了创建染色质可及性和mRNA表达共谱分析方法,作者基于SPLiT-seq和Paired-seq方法开发了SHARE-seq,使用多轮杂交封闭来唯一且同...
作者首先对 254 个类淋巴母细胞进行了单细胞 ATAC 测序,将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与群体细胞 DNase-seq 或 ATAC-seq 获得的染色质可及性图谱具有很高的相关性,单细胞水平的数据再现了一些群体细胞 ATAC-seq 数据反映出的染色质特征。 图 单细胞 ATAC-seq 与常规 ATAC-seq 的一致性 [2] 伯豪生物...
单细胞ATAC-Seq、生信分析全程技术服务,承接批量科研、临床样本,伯豪生物单细胞 ATAC 测序技术服务优质供应商。 对染色质可及性的研究是伴随着对染色体结构研究的发展逐渐兴起的。1971 年,Mirsky 首先使用 DNase 来研究染色质的结构,发现 DNase 对于存在与染色中的 DNA 仍然可以切割,表现出染色中的 DNA 对于 DNase ...
二个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 >>> 单细...
左图为单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合:通过整合单细胞转录组和ATAC数据,确定ATAC细胞类型注释的可靠性与一致性。 右图为Peak和基因关联分析:进行peak与基因的关联分析,能够找到特异的转录因子关联网络。
(3)组织:建议使用伯豪生物自主研发的单细胞 ATAC-seq 组织保护液,4°C 运输,48 小时内送达伯豪生物实验室。 伯豪生物提供:单细胞 ATAC 测序、生信分析全程技术服务,承接批量科研、临床样本,伯豪生物单细胞 ATAC 测序技术服务优质供应商。 ▲干细胞 / 发育生物学 ...
图ATAC-seq 与 Fluidigm C1 单细胞平台整合的实验流程 [2] 伯豪生物提供:单细胞 ATAC 测序、生信分析全程技术服务,承接批量科研、临床样本,伯豪生物单细胞 ATAC 测序技术服务优质供应商。 作者首先对 254 个类淋巴母细胞进行了单细胞 ATAC 测序,将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与群体细胞 DNase-seq 或 ATAC...
(3)组织:建议使用伯豪生物自主研发的单细胞 ATAC-seq 组织保护液,4°C 运输,48 小时内送达伯豪生物实验室。 伯豪生物提供:单细胞 ATAC 测序、生信分析全程技术服务,承接批量科研、临床样本,伯豪生物单细胞 ATAC 测序技术服务优质供应商。 ▲干细胞 / 发育生物学 ...