axis(side=1, at=seq(0, max(d$V1)), labels=seq(0, max(d$V1))); dev.off()
cat -e diff.bed 用如下代码去掉特殊符号 cat diff.bed | tr -d '\r' > clean_diff.bed 第五步:在Linux系统中利用bedtools得到包含染色体位置坐标的蛋白编码基因。 首先需要启动自己安装了bedtools软件的conda小环境,然后输入下面的代码: bedtools intersect -a clean_diff.bed -b Mus_musculus.position -wa...
ATAC-seq是双端测序,我现在很大的问题是不会用循环得学,学会写脚本,不能每次都手打代码 第一步:明确样本,构建config.raw(不会写循环此步跳过) ##构建config ls *_1.fastq.gz > 1 ls *_2.fastq.gz > 2 paste 1 1 2 > config.raw cat config.raw 第二步:TrimGalore过滤 ##trim_galore -q:设置线...
java-jar/usr/share/java/trimmomatic-0.36.jarSE-threads4-phred33/home/wang/桌面/SRX091.fastq.gz/home/wang/桌面/resultout.fq.gzILLUMINACLIP:TruSeq3-SE.fa:2:30:10LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15MINLEN:25# 双端过滤代码参考 java-jar/usr/share/java/trimmomatic-0.36.jarPE-threads4-phred33...
ATAC-seq分析:数据质控(6) 1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 代码语言:text 复制...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
ATAC-seq数据可在 athttps://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG下载 4.1 理解峰值 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵,原始矩阵和归一化矩阵,主要包括两组峰值: “癌症类型特异性峰值集”,包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。在至少两个样本中观察到了这些峰值,其数值为百万分。>=5>=...
小果最近沉迷ATAC-seq,那就以ATAC-seq当例子来教大家重复样本的处理方式吧 针对ATAC-seq数据,要求必须有2次或更多次生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评价重复样本的重复性的好坏?如何得到一致性的peaks?
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...