通过ac4C-RIP-seq和ac4C-seq的双重筛选,作者最终得到476个NAT10响应的ac4C靶基因,包含核心多能性调节因子OCT4和SOX2(Figure 7A)。作者利用IGV查看OCT4和SOX2上的ac4C修饰情况,通过对比ac4C-seq检测到的ac4C位点和ac4C-RIP-seq筛选到的ac4C peak,作者发现WT hESC中OCT4上ac4C位点与ac4C peak显著重叠,但NAT10 KD ...
随后,研究团队构建了在T细胞特异性敲除Nat10的基因缺陷小鼠(CKO小鼠),发现CKO小鼠外周T细胞数量显著减少,且存在明显的增殖受限及凋亡增加的现象。通过RNA-seq与ac4C-RIP-seq联合分析,研究人员发现NAT10缺失导致T细胞中MycmRNA ac4C修饰水平显...
1)绘制ac4C全转录组图谱:通过acRIP-seq,研究者能够全面了解mRNA中ac4C的分布特征,包括其在5′-UTR和CDS中的富集情况,以及偏好序列。 2)验证接头蛋白的功能:通过比较野生型和敲低TDP43细胞系的acRIP-seq数据,研究者发现TDP43缺失导致ac4C修饰显著减少,从而验证了TDP43在mRNA乙酰化中的重要作用。 3)揭示了ac4C修...
此外,结合RIP-seq和acRIP-seq结果的GO富集分析显示,NAT10结合和ac4C修饰的基因还涉及表皮生长因子激活受体活性的负调控(图3G)。通过整合RNA-seq、acRIP-seq和RIP-seq数据,研究者鉴定出10个潜在的NAT10调控的ac4C靶基因,其中包括ERRFI1(图3H)。ERRFI1是EGFR和ERBB2的反馈抑制因子,参与EGFR介导的信号通路,并在CRC...
因此,研究者利用ac4C-RIP-seq技术首次全面系统的揭示了人心肌肥厚组织及小鼠心脏重构模型中的ac4C乙酰化修饰图谱。通过功能富集分析发现两个物种之间存在显著的重叠,其ac4C乙酰化修饰的转录本主要编码与超分子纤维组织、肌动蛋白丝基础过程和肌...
技术平台:acRIP-seq(易基因金牌技术) 本研究鉴定出NAT10/PCBP/TDP43复合体在哺乳动物细胞中介导mRNA ac4C形成,还鉴定出两类RNA结合蛋白(RBPs)作为NAT10接头蛋白负责mRNA的锚定和底物选择,这两类RBPs分别属于poly(rC)结合蛋白1/2(PCBP1/2)和TAR DNA结合蛋白43(TDP43)家族。敲低这些接头蛋白会导致HEK293T细胞...
(3)HEK293T细胞中mRNA乙酰化表征:通过acRIP-seq分析,发现ac4C在mRNA的5′-非翻译区(5′-UTR)和翻译起始位点(TIS)附近富集,且偏好于密码子的摆动位点。 图3:HEK293T细胞mRNA ac4C的全转录组范围图谱 A. ac4C RNA免疫沉淀测序分析(acRIP-seq)示意图:使用oligo (dT)15磁珠从HEK293T细胞中提取的总RNA中富集...
因此,研究者利用ac4C-RIP-seq技术首次全面系统的揭示了人心肌肥厚组织及小鼠心脏重构模型中的ac4C乙酰化修饰图谱。通过功能富集分析发现两个物种之间存在显著的重叠,其ac4C乙酰化修饰的转录本主要编码与超分子纤维组织、肌动蛋白丝基础过程和肌肉系统过程相关的蛋白质,并进一步证实了ac4C乙酰化修饰可能通过改变某些关键基因...
研究方法:ac4C acRIP-seq,RNA-seq等 研究摘要 铁死亡是一种非凋亡的细胞死亡形式,在心脏缺血再灌注(I/R)损伤中起核心作用。N-乙酰转移酶10(NAT10)作为一种RNA ac4c乙酰转移酶参与心肌细胞凋亡,但其在I/R损伤中心肌细胞铁死亡中的作用尚未确定。本研究旨在阐明NAT10在心肌铁死亡中的作用及其机制。在I/R小鼠心脏...
因此,研究者利用ac4C-RIP-seq技术首次全面系统的揭示了人心肌肥厚组织及小鼠心脏重构模型中的ac4C乙酰化修饰图谱。通过功能富集分析发现两个物种之间存在显著的重叠,其ac4C乙酰化修饰的转录本主要编码与超分子纤维组织、肌动蛋白丝基础过程和肌肉系统过程相关的蛋白质,并进一步证实了ac4C乙酰化修饰可能通过改变某些关键基因...