上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
export TMPDIR=/newlustre/home/jfgui/Wangtao/XX_assembly/HiC/3d-dna/3d-dna/## 运行3d-dna挂载程序/newlustre/home/jfgui/Wangtao/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh \ # 用3d-dna目录的run-asm-pipeline.sh脚本-r2\ # 纠错次数,0表示不纠错,默认为2。对组装结果自信先用-r0试一下。./genome.fa...
输出的结果文件都在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一 运行3d-dna 3d-dna的运行也没有多少参数可以调整,如果对组装的信心高,就用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了。 ~/opt/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -r 2 reference/genome.fa aligned/merged_nodups.txt&>...
使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT对组装结果进行手工纠正,最终得到准染色体水平的基因组。 总体流程 基因组组装可以是二代测序方法,也可以是三代测序组装方法,总之会得到contig。 Juicer的工作流程见下图,输入原始的fastq文件,处理得到中间文件.hic...
分类号:R446学号:017111009重庆医科大学硕士学位论文(学术学位)论文题目的熵驱动的3D-DNA步行机器联合催化发夹自组装反应测用于检测microRNA的生物传感器作者姓名杨廷燕一级学科名称临床医学二级学科名称临床检验诊断学论文答辩年月000年55月指导教师姓名(职称、单位名
DNA蓝色分子组装3d片段ID:047d4u 授权范围 商业用途,可用于营利性的商业、广告目的 授权限制 暂无 版权所有 摄图网已取得Dreamstime授权 720P 1280 x 720px , mov 1080P 1920 x 1080px , mov 4K 4096 x 2160px , mov 无水印下载 免费10次/天下载小样商用授权咨询:13818053407 发票合同问题 / ...
由被称为“DNA砖块”的合成DNA短链,进行自组装生成的纳米结构的计算机3D模型(左)和对应的2D显微镜投影图像(右)。一个主DNA砖收集系统用1000个立体像素定义了一个25纳米的立方“分子画布”。通过该画布选择砖的子集,Ke等人建造了102种不同形状的嵌板,展现出了错综复杂的表面特征、内部腔体和隧道。这些纳米结构可以在...
创新点:福州大学吴再生团队开发了适体嵌入的3D DNA纳米团簇(Apt-eNC)作为癌症靶向药物传递的智能载体。Apt-eNC被设计为在内腔中有一个内置的储备池,适体可以向外移动。当表面适体被降解时,储备池中的适体可以向外移动以提供补偿,从而在体内保持其持续的肿瘤靶向性能,为癌症的精准治疗提供新思路。
专利名称：一种3D DNA行走机器耦合催化发夹自组装的microRNA生物传感器 专利类型：发明专利 发明人：谢国明,杨廷燕,方杰 申请号：CN201910418260.3 申请日：20190520 公开号：CN110592188A 公开日：20191220 专利内容由知识产权出版社提供 摘要：在本专利中，我们提出了一种新的、熵驱动的三维DNA步行机器，它结合了催化...
这种多功能的DNA纳米框架在乳腺癌细胞及小鼠乳腺癌皮下肿瘤模型的治疗中取得了显著效果,并对正常细胞和组织具有良好的生物相容性。这一DNA纳米框架动态组装/解组装策略为基因药物的可控递送提供了有潜力的解决方案,有望促进精准医疗的发展。 ...