上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
初始组装经过基因组纠错(polish)以及去冗余(purge)之后,就可以将其挂载到染色体上,使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromosome级别的基因组。染色体挂载的方法有多种,我这里主要介绍基于HiC测序数据进行染色体挂载,用到了2套软件:allhic和3d-dna pipeline。
使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT对组装结果进行手工纠正,最终得到准染色体水平的基因组。 总体流程 基因组组装可以是二代测序方法,也可以是三代测序组装方法,总之会得到contig。 Juicer的工作流程见下图,输入原始的fastq文件,处理得到中间文件.hic...
前一篇博客主要讲了如何使用juicer进行Hi-C测序的下机数据处理,这篇博客我们按照Aiden团队的基因组组装“CookBook”继续接下来的操作,主要记录下3D-DNA软件的配置运行,以及如何手动调整结果。 1. 下载和配置3D-DNA 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
自组装（SA）不能在广泛的材料上应用相同的SA工艺来从不同的纳米成分创建相同的3D有序阵列，发表的新方法通过设计可以封装各种无机或有机纳米物体（包括金属，半导体，甚至蛋白质和酶）的刚性多面体DNA框架，使SA工艺与材料性能脱钩。 科学家设计了立方体，八面体和四面体形状的合成DNA框架。框架内部是DNA“臂”，只有...
哈佛大学 Wyss生物创新工程研究所的研究人员利用DNA砖块作为乐高积木,已经创造了超过100种三维纳米结构——对比该团队几个月前实现的二维结构自组装,是一个巨大的进步。 称为“DNA砖块自组装”的纳米制造技术,…
3D-DNA安装：git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git === 分析测试 === 两个输入数据：reference:存放一个genome.fa, 为组装的contigs。fastq: 存放HiC二代双端测序结果，read_R1.fastq.gz, read_R2.fastq.gz 有了这两个数据就可以开始了。*_R...