最初找到了这个项目,用于3ddna 和 juicerbox结果绘图,但是太慢了,120G的压缩nodup文件用了整整三天以上,画一张图又得等三天,实在受不了了(内心:#*&&%￥￥#￥*@#!￥)。。。 plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly -W whole -n 7 -s True -l t -F 4...
最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
.fasta: 以FINAL标记的是最终结果 .hic: 各个阶段都会有输出结果,用于在JABT中展示 .assembly: 各个阶段都会有输出,一共两列,存放contig的组装顺序 将结果中的.hic文件和.assembly文件导入Juicebox中进行调整,最后输出修改后的.assembly文件,再运行下面命令,即可获取染色体级别的基因组。 /home/ubuntu/3d-dna/run-a...
通常来讲,用final.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装run-asm-pipeline-post-review.sh,得到fasta的文件,然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息,对应上染色体水平的基因组基因信息 当出现如下图的3dDNA组装偏差时,即交互区域分布于对角线之外,则可人工校正,下图中1号和...
结果:结果文件在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 二、 运行3D-DNA 使用默认参数进行3D-DNA 1 ~/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh ./ref/draft.genome.fa ./aligned/merged_nodups.txt 最后输出文件中,包含FINAL就是我们需要的结果。
结果:结果文件在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 二、 运行3D-DNA 使用默认参数进行3D-DNA 1 ~/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh ./ref/draft.genome.fa ./aligned/merged_nodups.txt 最后输出文件中,包含FINAL就是我们需要的结果。
结合高次方EBV-DNA的结果,更是想寻根究底,于是再次拨通患者电话,简单交流后,希望她取报告时能带上以往的检验报告及相关的病理资料,直接来找我。 次日,患者带着病例资料来了。目视患者:戴口罩,帽子,颜面部外露部分依稀可见:轻微水肿,红斑,成片状,偶见小水疱,有溃疡、结痂。
8月13日,4份DNA样本送至鉴定中心。9月4日,结果显示比对成功,强强找到了! 这一声妈妈,我等了37年! 9月9日上午9时许,强强在民警陪同下来到武昌区分局刑侦大队,脸上洋溢着喜悦。他聊起记忆中的片段:“我家是个一层楼,门前有片玉米地,还有条大河。”“我爸是杀猪的...
无创DNA结果已出,有会看的吗 楼主 楠楠宝08 孕17周LV.3 低风险是不是就是过了,,看数值都是零点几,,,就是代表都正常,没事吧,,, 这个单子怎么没有X或者y的结果呢本来以为能知道男女的, 这三个数值能看出男女吗,,有没有会看的 2017-08-25 12:18 5 只看楼主 喜欢(0) 回复(0) ...
病情分析:EBV-DNA应为EBV-DNA,结果为0,说明没有检测到EB病毒DNA存在。EBV-DNA结果为0,也就是说没有检测到EB病毒的DNA,说明患者没有检测到EB病毒,EB病毒是疱疹病毒科嗜淋巴细胞病毒属的一种,基因组是DNA,目前临床研究中发现鼻咽癌和EB病毒有比较紧密的联系。目前临床上,EB病毒分子定量检测常用于感染性单核细胞增...