最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
在使用3dDNA和juicerbox进行辅助挂载的过程中最终绘图一直没有找到很好的办法,最后找到一个项目但是速度太慢了,画个图需要三天,重写了一个小工具用于转换结果为bin matrix矩阵(后续会直接利用.hic和assembly文件生成matrix,这样可能更快,多线程目前存在bug我又给改成单线程了,但是依旧很快,需要占内存,后续的更新最近没...
.fasta: 以FINAL标记的是最终结果 .hic: 各个阶段都会有输出结果,用于在JABT中展示 .assembly: 各个阶段都会有输出,一共两列,存放contig的组装顺序 将结果中的.hic文件和.assembly文件导入Juicebox中进行调整,最后输出修改后的.assembly文件,再运行下面命令,即可获取染色体级别的基因组。 /home/ubuntu/3d-dna/run-a...
通常来讲,用final.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装run-asm-pipeline-post-review.sh,得到fasta的文件,然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息,对应上染色体水平的基因组基因信息 当出现如下图的3dDNA组装偏差时,即交互区域分布于对角线之外,则可人工校正,下图中1号和...
ALLHiC的流程主要分为以下5个步骤：同时需要安装 samtools v1.9+ , bedtools , matplotlib v2.0+ 若发现组装的scaffolds存在很多misjoin，则可以通过3D-DNA进行纠错，然后使用ALLHiC。关于3D-DNA流程，可查看前面内容，3D-DNA可以得到 上述将3D-DNA组装好的结果根据片段长度从大到小排列，得到相应的...
输出的结果文件都在aligned目录下，其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。第五步： 运行3d-dna 注：3d-dna的运行也没有多少参数可以调整，如果对组装基因组质量的信心高，就用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了。/gpfs03/home/jingjing/software/3d-dna-master/./run-asm-...
水痘和带状疱疹的“亲子鉴定”结果:根据所提供的的水痘及带状疱疹样本DNA分析结果,符合遗传规律,亲权概率大于0.9999。(水痘和带状疱疹的病原体都是水痘—带状疱疹病毒,该病毒初次感染人体时引起水痘表现,水痘痊愈后该病毒潜伏至背根神经节,带状疱疹为潜伏的...
8月13日,4份DNA样本送至鉴定中心。9月4日,结果显示比对成功,强强找到了! 这一声妈妈,我等了37年! 9月9日上午9时许,强强在民警陪同下来到武昌区分局刑侦大队,脸上洋溢着喜悦。他聊起记忆中的片段:“我家是个一层楼,门前有片玉米地,还有条大河。”“我爸是杀猪的...
接无创结果顺利通过 2018-08-07 06:14 努力幸福的妈妈 宝宝2岁4个月30天 LV.13 7楼 恭喜接顺利通关 2018-08-07 08:24 母婴用户751310131 宝宝2岁4个月6天 LV.1 8楼 恭喜恭喜!接无创顺利通过 2018-11-11 14:15 母婴用户429808824 宝宝2岁16天 LV.3 9楼 恭喜,接无创顺利通过[哈哈] 2019-...
病情分析:EBV-DNA应为EBV-DNA,结果为0,说明没有检测到EB病毒DNA存在。EBV-DNA结果为0,也就是说没有检测到EB病毒的DNA,说明患者没有检测到EB病毒,EB病毒是疱疹病毒科嗜淋巴细胞病毒属的一种,基因组是DNA,目前临床研究中发现鼻咽癌和EB病毒有比较紧密的联系。目前临床上,EB病毒分子定量检测常用于感染性单核细胞增...