在使用3dDNA和juicerbox进行辅助挂载的过程中最终绘图一直没有找到很好的办法,最后找到一个项目但是速度太慢了,画个图需要三天,重写了一个小工具用于转换结果为bin matrix矩阵(后续会直接利用.hic和assembly文件生成matrix,这样可能更快,多线程目前存在bug我又给改成单线程了,但是依旧很快,需要占内存,后续的更新最近没
Hi-Chas been used to improve draft genome assemblies and to create chromosome-length scaffolds for large genomes. 在这个过程中,HiC数据被用来将草图scaffold分配到染色体上,然后排序,然后在每个染色体上排列和定位这个草图scaffold.不幸的是,这个结果包含大量错误,...
.fasta:以FINAL标记的是最终结果 .hic: 各个阶段都会有输出结果,用于在JABT中展示 .assembly: 各个阶段都会有输出,一共两列,存放contig的组装顺序 将结果中的.hic文件和.assembly文件导入Juicebox中进行调整,最后输出修改后的.assembly文件,再运行下面命令,即可获取染色体级别的基因组。 /home/ubuntu/3d-dna/run-asm...
Hi-Chas been used to improve draft genome assemblies and to create chromosome-length scaffolds for large genomes. 在这个过程中,HiC数据被用来将草图scaffold分配到染色体上,然后排序,然后在每个染色体上排列和定位这个草图scaffold.不幸的是,这个结果包含大量错误,...
作者研究不同3D结构特征与其他表观基因组模式(mCG、mCH和开放染色质)之间的相关性。研究结果揭示了在所有神经细胞类型中,mCG和mCH都与三维基因组组织呈负相关,但与染色质开放性存在正相关的关系,表明DNA甲基化可能促进CTCF和cohesin。 图2-I:在所有基因(左)或仅最高差异表达基因(DEGs)(右)的所有主要类型中,区室...
3一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右,由于荧光染料的干扰和机器性能,测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确,如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。 4我们通过工具栏的缩放工具,可以放大或者缩小整个视...
最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
水痘和带状疱疹的“亲子鉴定”结果:根据所提供的的水痘及带状疱疹样本DNA分析结果,符合遗传规律,亲权概率大于0.9999。(水痘和带状疱疹的病原体都是水痘—带状疱疹病毒,该病毒初次感染人体时引起水痘表现,水痘痊愈后该病毒潜伏至背根神经节,带状疱疹为潜伏的...
通常来讲,用final.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装run-asm-pipeline-post-review.sh,得到fasta的文件,然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息,对应上染色体水平的基因组基因信息 当出现如下图的3dDNA组装偏差时,即交互区域分布于对角线之外,则可人工校正,下图中1号和...
DNA 结果确认! 近日,在瑞安高铁站,一场老陈夫妻与小女儿跨越 38 年的拥抱终于实现:老陈夫妻手上的红围巾和鲜花,终于交到了他们日思夜想的小女儿手里。 在举着 " 欢迎女儿回家 " 的横幅等待了将近两个小时后,女儿的身影终于出现在出站口,夫妻俩再也抑制不住泪水,伸出手紧紧抱住了迎面走来的小女儿,哽咽着说 ...