最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
https://github.com/Atvar2/plotHicGenome 最初找到了这个项目,用于3ddna 和 juicerbox结果绘图,但是太慢了,120G的压缩nodup文件用了整整三天以上,画一张图又得等三天,实在受不了了(内心:#*&&%￥￥#￥*@#!￥)。。。 plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly ...
Juicer结果:merged_nodups.txt 3.2. run # 对组装的信心高,用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了 # -r 代表 3d-dna 修正的次数 # merged_nodups.txt 在 上一步Juicer运行的aligned目录下 /home/ubuntu/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -r 2 \ reference/genome.fa aligned/merged_nodups.txt &> log.txt...
结果:结果文件在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 二、 运行3D-DNA 使用默认参数进行3D-DNA 1 ~/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh ./ref/draft.genome.fa ./aligned/merged_nodups.txt 最后输出文件中,包含FINAL就是我们需要的结果。 三、 juicerbox进行手动纠错...
分析结果表明: 378940 mC和145070 m3C细胞核被证实可检测跨基因组特征的DNAm; 通过对mC数据集的迭代聚类,首先将细胞核分为端脑兴奋性神经元、抑制性/非端脑神经元和非神经元细胞(40种主要类型和188种亚型); 根据神经元细胞的CH低甲基化基因标记物和非神经元细胞的CG低甲基化标记物对细胞类型进行注释。
8月13日,4份DNA样本送至鉴定中心。9月4日,结果显示比对成功,强强找到了! 这一声妈妈,我等了37年! 9月9日上午9时许,强强在民警陪同下来到武昌区分局刑侦大队,脸上洋溢着喜悦。他聊起记忆中的片段:“我家是个一层楼,门前有片玉米地,还有条大河。”“我爸是杀猪的...
下图. CellTox 绿色荧光染料可以结合于膜完整性受损的细胞的双链 DNA, 使用CellTiter-Glo® 3D和A 检测试剂处理细胞后,应用激光共聚焦显微镜拍照。绿色荧光染色显示裂解的细胞。微组织直径为 300μm。 可以明显看出CellTiter-Glo® 3D具有更强的裂解和渗透能力,因此得到的细胞活力结果更加准确可靠!
26日,李延贵与李延学烈士的遗骸DNA比对成功。 近年来,退役军人事务部成立烈士遗骸搜寻鉴定中心,深入开展遗物整理、辨识和分析,以印章等标注个人身份信息线索的遗物为重点,陆续发布烈士寻亲线索,发动社会各方面力量,共同找寻烈士亲属。截至目前,已先后为20位在韩志愿军烈士确认身份。
DNA含量指数呢,正常细胞一般是1.0,如果小于1.0,就表示细胞缺少DNA;大于1.0,就表示细胞DNA含量增加了。细胞周期分布则会显示样本中各个周期细胞的百分比,正常细胞和癌细胞在这个分布上可能会有所不同。 最后,报告会给出一个分析结论。如果细胞DNA含量和细胞周期分布都正常,那结果就是正常的;如果有异常,就可能存在细胞...