最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
https://github.com/Atvar2/plotHicGenome 最初找到了这个项目,用于3ddna 和 juicerbox结果绘图,但是太慢了,120G的压缩nodup文件用了整整三天以上,画一张图又得等三天,实在受不了了(内心:#*&&%￥￥#￥*@#!￥)。。。 plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly ...
/home/ubuntu/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -r 2 \ reference/genome.fa aligned/merged_nodups.txt &> log.txt & 3.3. 结果 最终的输出文件最关键的是下面三类: .fasta: 以FINAL标记的是最终结果 .hic: 各个阶段都会有输出结果,用于在JABT中展示 .assembly: 各个阶段都会有输出,一共两列,存放contig的组...
结果:结果文件在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 二、 运行3D-DNA 使用默认参数进行3D-DNA 1 ~/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh ./ref/draft.genome.fa ./aligned/merged_nodups.txt 最后输出文件中,包含FINAL就是我们需要的结果。 三、 juicerbox进行手动纠错...
分析结果表明: 378940 mC和145070 m3C细胞核被证实可检测跨基因组特征的DNAm; 通过对mC数据集的迭代聚类,首先将细胞核分为端脑兴奋性神经元、抑制性/非端脑神经元和非神经元细胞(40种主要类型和188种亚型); 根据神经元细胞的CH低甲基化基因标记物和非神经元细胞的CG低甲基化标记物对细胞类型进行注释。
8月13日,4份DNA样本送至鉴定中心。9月4日,结果显示比对成功,强强找到了! 这一声妈妈,我等了37年! 9月9日上午9时许,强强在民警陪同下来到武昌区分局刑侦大队,脸上洋溢着喜悦。他聊起记忆中的片段:“我家是个一层楼,门前有片玉米地,还有条大河。”“我爸是杀猪的...
26日,李延贵与李延学烈士的遗骸DNA比对成功。 近年来,退役军人事务部成立烈士遗骸搜寻鉴定中心,深入开展遗物整理、辨识和分析,以印章等标注个人身份信息线索的遗物为重点,陆续发布烈士寻亲线索,发动社会各方面力量,共同找寻烈士亲属。截至目前,已先后为20位在韩志愿军烈士确认身份。
4月29日,河南郑州,备受关注的“抖音刷到疑似双胞胎姐妹”一事终于有了结果,DN
DNA测序结果分析实际比对了数千份序列后才知道情况并非那么简单下面测序图中标出的两个套峰均不是杂合子位点如图并说明如下说明第一组套峰两峰的轴线并不在同一位置左侧的t峰是干扰峰第二组套峰虽两峰轴线位置相同但两峰的位置太靠近了不是杂合子峰蓝色的c峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同...