最初找到了这个项目,用于3ddna 和 juicerbox结果绘图,但是太慢了,120G的压缩nodup文件用了整整三天以上,画一张图又得等三天,实在受不了了(内心:#*&&%￥￥#￥*@#!￥)。。。。。 plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly -W whole
Juicer结果:merged_nodups.txt 3.2. run # 对组装的信心高,用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了 # -r 代表 3d-dna 修正的次数 # merged_nodups.txt 在 上一步Juicer运行的aligned目录下 /home/ubuntu/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -r 2 \ reference/genome.fa aligned/merged_nodups.txt &> log.txt...
Hi-C,Hi-C的基本流程是首先将染色质,用交联HindIII限制性核酸内切酶将DNA片段切开,形成粘性末端,将带有dCTP-biotion补齐粘性末端,用T4连接酶连接,纯化链接产物,用链霉亲和磁珠捕获带有biotion的DNA互作片段,测序比对DNA互作区域。 如何看懂Hi-C结果 如图所示,Hi-C主要有两种表现形式,一种是原始的方形图,一种是比较...
2023年10月13日,索尔克生物研究所Joseph R. Ecker团队联合其他团队研究人员在《科学》(SCIENCE)杂志上发表了“Single-cell DNA methylation and 3D genome architecture in the human brain”研究论文,通过使用单核表观基因组测序技术,全面分析成年人类大脑皮层和亚皮层区域中的DNA甲基化和染色质构象,展示了人类大脑的...
最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
免疫细胞:……事已至此,骗你也没什么意义,实话实说,我们曾经收集了你的一些基因样本,和水痘进行了对比分析,你如果不信,就看看这个“亲子鉴定”结果吧…… 水痘和带状疱疹的“亲子鉴定”结果:根据所提供的的水痘及带状疱疹样本DNA分析结果,符合遗传规律...
1.未见DNA倍2.体异常细胞;(阴性)3.可见少量细胞增生;(5%-10%增生)4.可见少量DNA倍5.体异常细胞;(1-2个DI≥2.5) 6.可见细胞异常增生;(≥10%增生);7.可见DNA倍体异常细胞;(3个及3个以上DI≥2.5);8.可见异倍体细胞峰。 其中,结果1代表检测阴性,2、3代表可疑或少量病...
DNA倍体分析结果主要反映细胞内DNA的含量情况。正常细胞通常为二倍体,若出现异常倍体情况,可能提示细胞存在病变。如果结果异常,需要进一步检查明确病因,不同情况处理方式不同。 1. 关于DNA倍体分析结果的含义 - DNA倍体分析是一种检测细胞内DNA含量的技术。在正常生理状态下,人体的体细胞大多是二倍体,即含有两组完...
DNA含量指数呢,正常细胞一般是1.0,如果小于1.0,就表示细胞缺少DNA;大于1.0,就表示细胞DNA含量增加了。细胞周期分布则会显示样本中各个周期细胞的百分比,正常细胞和癌细胞在这个分布上可能会有所不同。 最后,报告会给出一个分析结论。如果细胞DNA含量和细胞周期分布都正常,那结果就是正常的;如果有异常,就可能存在细胞...