juicebox对3d DNA结果进行人工review的方法分享,个人学习笔记,仅供参考, 视频播放量 5552、弹幕量 0、点赞数 47、投硬币枚数 22、收藏人数 110、转发人数 38, 视频作者 TheSkywoods, 作者简介 ,相关视频:网络药理学教程-1.获取药物靶点,go和kegg分析思路,【生信文章从
在使用3dDNA和juicerbox进行辅助挂载的过程中最终绘图一直没有找到很好的办法,最后找到一个项目但是速度太慢了,画个图需要三天,重写了一个小工具用于转换结果为bin matrix矩阵(后续会直接利用.hic和assembly文件生成matrix,这样可能更快,多线程目前存在bug我又给改成单线程了,但是依旧很快,需要占内存,后续的更新最近没...
加州理工学院生物工程系 Cai Long 教授发明了 seqFISH 技术，该技术能够在保留其空间背景的情况下直接在单个细胞中鉴定数千种分子，包括 DNA、mRNA 和蛋白质。现在，Cai 也成立了 Spatial Genomics 公司，以商业化 seqFISH。布罗德研究所的医学博士 Evan Macosko 开发了 Slide-seq 技术，Slide-seq 接近单细胞分析的...
通常来讲,用final.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装run-asm-pipeline-post-review.sh,得到fasta的文件,然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息,对应上染色体水平的基因组基因信息 当出现如下图的3dDNA组装偏差时,即交互区域分布于对角线之外,则可人工校正,下图中1号和...
这种方式每个单元能够捕获数百个数据点,借助半导体工业的光刻技术以纳米阵列的形式封装在硅片上,通过芯片和由转录本制成的 DNA 纳米球来进行空间位置的基因表达分析。华大集团首席执行官、华大生命科学研究院院长徐讯透露,该技术预计将于 2021 年发布。 现在,华大已经制造出了用于小鼠大脑空间分析的芯片,该芯片具有 200...
科教设计中独特的3ddna分子可视化 照片 关于 形象化, 实验, 视觉, 发现, 无政府主义, 创新, 提示, 解决方法, 产物, 螺旋, 结构, 艺术性, 研究, 分子, 科学, 描述, 着迷, 化学, 切片检查法, 传记, 医疗, 设计, 遗传学, 技术, 唯一 - 301858025
DNA染色体3d可视化建模 DNA染色体是生物体内存储基因信息的关键结构,它在生物学研究中起着重要的作用。为了更好地理解和研究DNA染色体的结构和功能,科学家们发展了许多三维可视化建模方法。 一种常用的软件工具是UCSF Chimera。UCSF Chimera是一个免费的分子建模和可视化软件,它的功能强大且易于使用。使用UCSF Chimera,...
这种方式每个单元能够捕获数百个数据点,借助半导体工业的光刻技术以纳米阵列的形式封装在硅片上,通过芯片和由转录本制成的 DNA 纳米球来进行空间位置的基因表达分析。华大集团首席执行官、华大生命科学研究院院长徐讯透露,该技术预计将于 2021 年发布。 现在,华大已经制造出了用于小鼠大脑空间分析的芯片,该芯片具有 200...
2、选择 B-DNA; 3、点击 Submit Sequence; 4、稍等片刻后点击 outputfile。 然后就可以保存 DNA.pdb格式的文件了。 有了pdb 文件之后,可以有很多种选择。比如用 Pymol 或者 VMD 等软件打开编辑。 在Pymol 中,点击 H(Hide),选择(Hide)everything。
英国惠康基金会的分子科学家Tom Collins说:“用三维模式以前所未有的详细程度使基因组可视化是非常重要的一步,而这一成就也花费了多年的努力。” Collins说,以后的研究能够观察基因组互相作用的方式,以及DNA结构如何影响特定基因的开关。如果将该技术应用于基因组异常的细胞,比如癌细胞,我们或许能够更好地理解是什么导...