输出的结果文件都在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 3. 运行3d-dna 3d-dna的运行也没有多少参数可以调整,如果对组装基因组质量的信心高,就用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了。 ~/soft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh-r2reference/genome.fa aligned/merged_nodups.t...
3.然后只需改动fasta文件和work文件名就可以使用下面的代码。运行3ddna,推荐绝对路径 bsub -J3d-1-n30-R span[hosts=1] -o %J.out -e %J.err -qnormal "bash /public/home/bsun/opt/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh /public/home/bsun/opt/biosoft/juicer/references/hap2.fasta /public/home/...
广州亲子鉴定咨询中心电话:189-2238-7297 广州亲子鉴定咨询业务范围:上户口亲子鉴定,司法亲子鉴定,个人隐私亲子鉴定,无创亲子鉴定,胎儿亲子鉴定,亲缘关系鉴定,DNA亲子鉴定等亲子鉴定咨询服务。 广州亲子鉴定服务区域:白云区、荔湾区、越秀区、海珠区、天河区、黄埔区、番禺区、花都区、南沙区、增城区、从化区。 广州亲子...
输出的结果文件都在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 第五步:运行3d-dna 注:3d-dna的运行也没有多少参数可以调整,如果对组装基因组质量的信心高,就用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了。 /gpfs03/home/jingjing/software/3d-dna-master/./run-asm-pipeline.sh refere...
3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平,githup,也可以用于对已经组装好的contig进行纠错,继而用其它软件(ALLHIC)进行挂载。 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffoldi...
初始组装经过基因组纠错(polish)以及去冗余(purge)之后,就可以将其挂载到染色体上,使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromosome级别的基因组。染色体挂载的方法有多种,我这里主要介绍基于HiC测序数据进行染色体挂载,用到了2套软件:allhic和3d-dna pipeline。
3D-DNA安装也很容易,只需要从Github上将内容克隆到本地即可 cd ~/opt/biosoft git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git 用sh ~/opt/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -h查看是否有帮助文档输出。 参数详解 以CPU版本的为例,juicer.sh的参数如下 ...
关于3D-DNA,前面已经有简单介绍,本次主要介绍ALLHiC分析流程 ALLHiC的流程主要分为以下5个步骤: Prune: 修剪(二倍体基因组可以不用) Partition: 根据Hic对contig进行分组 Rescue: 将未分组的contig继续进行分组 Optimize: 确定每组的顺序和方向 Build:得到fasta序列和AGP文件 ...
run-asm-pipeline.sh的651-750是3D-DNA流程的核心算法: misjoin-correction. 其中下面的代码是用来找到潜在的mis-assembly, 用于后续纠错 bash ${pipeline}/edit/run-mismatch-detector.sh -p ${parallel} -c ${editor_saturation_centile} -w ${editor_coarse_resolution} -d ${editor_coarse_region} -k $...
最近我发现了一套新的组合,chromap + yahs 完全替代之前3D-DNA流程。它的依赖工具如下 chromap: 高效Hi-C数据比对 samtools: sam转bam yahs: 另一个Hi-C scaffolding工具。纠错上准确性高,排序上略强3d-dna,远超SALSA2。 juicer_tools: 用于输出导入JuiceBox ...