3.然后只需改动fasta文件和work文件名就可以使用下面的代码。运行3ddna,推荐绝对路径 bsub -J3d-1-n30-R span[hosts=1] -o %J.out -e %J.err -qnormal "bash /public/home/bsun/opt/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh /public/home/bsun/opt/biosoft/juicer/references/hap2.fasta /public/home/...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
细菌公司破解版无限DNA中文破解版 塔战战术征服中文破解版 机甲斗兽场无敌版破解版国际服修改器菜单版 神器打造大师免广告破解版 太阳起源内置MOD菜单中文版 贵族1869中文版 特技车极限破解版无限金币版 死亡公园2破解版无限子弹无限生命版 刑事案件破解版无限星星版 遇见你的猫2024最新版 无敌蜘蛛侠无限金币版最新版 ...
步骤2就是利用Jllyfish软件切割k-mer,生成database.jdb文件, 文件内容是 “k-mer: count”。 Jllyfish是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Hash 表来存储数据,同...
2.5 DNAMAN和Oligo7 DNAMAN和Oligo7为核酸分子的可视化、序列比对和设计的开源软件,分子克隆和引物设计必备。 2.6 EndNote和NoteExpress 文献管理工具在论文写作中也是不可或缺,以下两款软件任选其一即可。 2.7 向日葵和Todesk 我们可以通过下面两...
3D-DNA安装也很容易,只需要从Github上将内容克隆到本地即可 cd ~/opt/biosoft git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git 用sh ~/opt/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -h查看是否有帮助文档输出。 参数详解 以CPU版本的为例,juicer.sh的参数如下 ...
3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平,githup,也可以用于对已经组装好的contig进行纠错,继而用其它软件(ALLHIC)进行挂载。 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffoldi...
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的辅助组装,它的最大优势就是输出结果可以对接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)进行手动矫正。然...
run-asm-pipeline.sh的651-750是3D-DNA流程的核心算法: misjoin-correction. 其中下面的代码是用来找到潜在的mis-assembly, 用于后续纠错 bash ${pipeline}/edit/run-mismatch-detector.sh -p ${parallel} -c ${editor_saturation_centile} -w ${editor_coarse_resolution} -d ${editor_coarse_region} -k $...
我们需要安装两个软件,一个是3D-DNA,另一个是juicer。 CPU版本的juicer: git clone https://github.com/theaidenlab/juicer.git cd juicer ln -s CPU scripts cd scripts/common wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar ...