最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
https://github.com/Atvar2/plotHicGenome 最初找到了这个项目,用于3ddna 和 juicerbox结果绘图,但是太慢了,120G的压缩nodup文件用了整整三天以上,画一张图又得等三天,实在受不了了(内心:#*&&%￥￥#￥*@#!￥)。。。 plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly ...
juicebox对3d DNA结果进行人工review的方法分享,个人学习笔记,仅供参考, 视频播放量 5552、弹幕量 0、点赞数 47、投硬币枚数 22、收藏人数 110、转发人数 38, 视频作者 TheSkywoods, 作者简介 ,相关视频:网络药理学教程-1.获取药物靶点,go和kegg分析思路,【生信文章从
通常来讲,用final.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装run-asm-pipeline-post-review.sh,得到fasta的文件,然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息,对应上染色体水平的基因组基因信息 当出现如下图的3dDNA组装偏差时,即交互区域分布于对角线之外,则可人工校正,下图中1号和...
抗双链DNA抗体不同方法学检测的结果解读 原创 复旦大学附属华山医院检验医学科 2024年05月16日 16:21 上海 请在微信客户端打开
4月29日,河南郑州,备受关注的“抖音刷到疑似双胞胎姐妹”一事终于有了结果,DN
说到亲子鉴定,它其实是基于孟德尔遗传定律的。我们每个人身上都有23对染色体,其中22对是常染色体,1对是性染色体,决定了孩子的性别。孩子从爸爸和妈妈那里各继承了一半的DNA。而且,这些DNA标记终身不变。所以,不管是在孕期做的亲子鉴定,还是孩子出生后做的...
病情分析:EBV-DNA应为EBV-DNA,结果为0,说明没有检测到EB病毒DNA存在。EBV-DNA结果为0,也就是说没有检测到EB病毒的DNA,说明患者没有检测到EB病毒,EB病毒是疱疹病毒科嗜淋巴细胞病毒属的一种,基因组是DNA,目前临床研究中发现鼻咽癌和EB病毒有比较紧密的联系。目前临床上,EB病毒分子定量检测常用于感染性单核细胞增...
通过模拟,科学家可以观察和研究DNA复制的各个环节,如起始点选择、DNA链分离、DNA聚合和DNA合成等。他们可以通过修改自动机模型中的参数和规则来模拟不同的复制情况,以及研究复制中可能出现的错误和修复机制。通过验证自动机模拟结果与实际观察到的DNA复制过程的一致性,科学家可以增加对于DNA复制的理解,并为更深入的研究...