在使用3dDNA和juicerbox进行辅助挂载的过程中最终绘图一直没有找到很好的办法,最后找到一个项目但是速度太慢了,画个图需要三天,重写了一个小工具用于转换结果为bin matrix矩阵(后续会直接利用.hic和assembly文件生成matrix,这样可能更快,多线程目前存在bug我又给改成单线程了,但是依旧很快,需要占内存,后续的更新最近没
juicebox对3d DNA结果进行人工review的方法分享,个人学习笔记,仅供参考, 视频播放量 5552、弹幕量 0、点赞数 47、投硬币枚数 22、收藏人数 110、转发人数 38, 视频作者 TheSkywoods, 作者简介 ,相关视频:网络药理学教程-1.获取药物靶点,go和kegg分析思路,【生信文章从
2选择File菜单打开一个序列文件,或者直接通过Open打开。 3一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右,由于荧光染料的干扰和机器性能,测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确,如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱...
最容易的解决方法就是设置-r 0, 也就是不纠错,直接用genome.0.hic的结果开始拆分染色体,后续通juicebox(https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki)手动处理潜在组装错误。这其实并没有解决问题,而是躲避了问题。于是我去阅读了3D-DNA 发表在science上文章的附录,和run-asm-pipeline.sh的源代码,功夫不负有心人...
DNA倍体分析结果主要反映细胞内DNA的含量情况。正常细胞通常为二倍体,若出现异常倍体情况,可能提示细胞存在病变。如果结果异常,需要进一步检查明确病因,不同情况处理方式不同。 1. 关于DNA倍体分析结果的含义 - DNA倍体分析是一种检测细胞内DNA含量的技术。在正常生理状态下,人体的体细胞大多是二倍体,即含有两组完...
DNA含量指数呢,正常细胞一般是1.0,如果小于1.0,就表示细胞缺少DNA;大于1.0,就表示细胞DNA含量增加了。细胞周期分布则会显示样本中各个周期细胞的百分比,正常细胞和癌细胞在这个分布上可能会有所不同。 最后,报告会给出一个分析结论。如果细胞DNA含量和细胞周期分布都正常,那结果就是正常的;如果有异常,就可能存在细胞...
说到亲子鉴定,它其实是基于孟德尔遗传定律的。我们每个人身上都有23对染色体,其中22对是常染色体,1对是性染色体,决定了孩子的性别。孩子从爸爸和妈妈那里各继承了一半的DNA。而且,这些DNA标记终身不变。所以,不管是在孕期做的亲子鉴定,还是孩子出生后做的...
通常来讲,用final.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装run-asm-pipeline-post-review.sh,得到fasta的文件,然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息,对应上染色体水平的基因组基因信息 当出现如下图的3dDNA组装偏差时,即交互区域分布于对角线之外,则可人工校正,下图中1号和...
DNA测序结果分析 学习 通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成，代表不同的碱基序列。测序图的两端（本图原图的后半段被剪切掉了）大约50个碱基的测序图部分通常杂质的干扰较大，无法判读，这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计时，要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近（通常要大于50个碱基距离...