比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测序...
Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的...
Smart-seq2数据的组合也更类似于bulk RNA-seq数据。 尽管都是基于poly(A)富集策略,两个平台检测到的所有转录本中约有10-30%来自非编码基因,而lncRNA在10X中所占的比例更高。 Smart-seq2具有更高的敏感度,检测到的表达基因数目远高于10X的检测到的表达基因数目。 对于检测到的基因,Smart-seq2数据呈单峰分布,...
那么今天小编再次对Smart-seq 2与10x Genomics Chromium的技术原理和应用进行阐明。 Smart-Seq简介 Smart-Seq (Switching mechanism at 5' end of the RNA transcript)于2012年发表[3],2013年发表了其改进技术的应用Smart-Seq2[4],2014年Smart-Seq2 protocol发表[5]。Smart-Seq2 对原始的Smart-Seq实验流程进行...
Microdropletbased systems微滴系统:Chromium (10× Genomics), ddSEQ (Bio-Rad/Illumina), Nadia (Dolomite), and inDrop (1CellBio) microwell-based systems微孔系统 :Rhapsody (BD) and ICELL8 (Takara) C1/Smart-seq平台, 每次只能分析96个细胞,然后分别获得每个细胞的全长cDNA文库,并可在用户选择的孔中...
技术解读|单细胞转录组:Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? 应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍,当下应用最火热的是10X Genomics公司的Chromium解决方案(以下简称10X)。但是基于2017年Christoph Ziegenhain et al[1]对6种单细胞转录组技术及2019 Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2],某...
5. cDNA扩增完成后酶切片段化并磁珠筛选最适片段,通过末端修复、加A、接头连接Read2测序引物,再以PCR方式构建含有P5和P7接头的cDNA文库即可。 Smart-Seq2和10X Genomics优点与限制 数据差异 张泽民团队通过直接比较两个平台上来自相同CD45细胞样本的scRNA-seq数据,广泛系统地分析评估了各自数据特征。 Smart-seq2在细...
就是如果你想做spike-in去监测转录组的整体变化时，在smart-seq里面比较容易操作，但10xGenomics据我所...
1单细胞转录组：Smart-seq 2还是 10x Genomics Chromium?应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10x Genomics 公司的Chromium 解决方案（以下简称10X ）。但是基于2017年Christoph Ziegenhain et al [1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad 研究所的团队对7种单细胞RNA 测序方法进行了比较[2]...
和10x Genomics相比,单细胞检测到的转录本更多。 Smart-Seq2缺点: 由于对聚腺苷酸化的RNA具有选择性,所以不能分析非poly(A)的RNA。 测序reads不带有mRNA链特异性。 2. TargetAmp方法 2.1 简介 TargetAmp方法由Illumina公司旗下的EpiCentre公司开发,可以把少量RNA(最少到1个细胞,约10pg)扩增到ng级,以达到可以进行...