b. 当研究的细胞数量较少，但需要详细的基因表达信息时，Smart-seq2的高敏感度和低dropout率使其成为...
该研究结合10x Genomics和SMART-seq2两种单细胞RNA测序技术,对肝癌患者多个组织的免疫细胞做出了系统性的刻画,分析了免疫细胞动态迁移和状态转化的特征,探索了它们在肝癌治疗上的潜在价值。 课题总体设计图 主要发现 不同组织的免疫组成有较大差异,肿瘤中的巨噬细胞构成腹水中髓系细胞的主要来源。 肿瘤中的巨噬细胞呈...
单细胞转录组:Smart-seq 2还是10x Genomics Chromium? 应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍,当下应用最火热的是10x Genomics公司的Chromium解决方案(以下简称10X)。但是基于2017年Christoph Ziegenhainet al[1]对6种单细胞转录组技术及2019 Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2],某些特...
那么今天小编再次对Smart-seq 2与10x Genomics Chromium的技术原理和应用进行阐明。 Smart-Seq简介 Smart-Seq (Switching mechanism at 5' end of the RNA transcript)于2012年发表[3],2013年发表了其改进技术的应用Smart-Seq2[4],2014年Smart-Seq2 protocol发表[5]。Smart-Seq2 对原始的Smart-Seq实验流程进行...
技术解读|单细胞转录组:Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? 应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍,当下应用最火热的是10X Genomics公司的Chromium解决方案(以下简称10X)。但是基于2017年Christoph Ziegenhain et al[1]对6种单细胞转录组技术及2019 Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2],某...
Smart-seq是全转录组扩增方法,通过oligo-dT引物和模板切换进行全长cDNA扩增。 Smart-seq2,Quartz-Seq和CEL-seq也被开发用于稳定地测量来自单个细胞的mRNA。 RamDa-seq在单个细胞中检测非聚腺苷酸(non-poly(A))转录本,包括长链非编码RNA和增强子RNA。
就是如果你想做spike-in去监测转录组的整体变化时，在smart-seq里面比较容易操作，但10xGenomics据我所...
该研究结合10x Genomics和SMART-seq2两种单细胞RNA测序技术,对肝癌患者多个组织的免疫细胞做出了系统性的刻画,分析了免疫细胞动态迁移和状态转化的特征,探索了它们在肝癌治疗上的潜在价值。 主要发现 不同组织的免疫组成有较大差异,肿瘤中的巨噬细胞构成腹水中髓系细胞的主要来源。
1单细胞转录组：Smart-seq 2还是 10x Genomics Chromium?应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10x Genomics 公司的Chromium 解决方案（以下简称10X ）。但是基于2017年Christoph Ziegenhain et al [1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad 研究所的团队对7种单细胞RNA 测序方法进行了比较[2]...
和10x Genomics相比,单细胞检测到的转录本更多。 Smart-Seq2缺点: 由于对聚腺苷酸化的RNA具有选择性,所以不能分析非poly(A)的RNA。 测序reads不带有mRNA链特异性。 2. TargetAmp方法 2.1 简介 TargetAmp方法由Illumina公司旗下的EpiCentre公司开发,可以把少量RNA(最少到1个细胞,约10pg)扩增到ng级,以达到可以进行...