比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低(通常每次96个细胞)高(每次可测数千个细胞)测序...
首先呢,smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它可以覆盖到整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序,独立的fastq文件哦 。 然后呢,对于10X技术单细胞转录组呢,每次可以测好几千的细胞,每个...
基于10X的数据显示出更严重的dropout问题(dropout是scRNA-Seq数据的一大特点,就是很多基因在某些细胞根本就检测不到表达,但是在另外的细胞却检测为高表达。通常认为这个dropout是因为在文库构建的过程中,有部分基因没有被成功的反转录。),尤其是...
基于10X的数据显示出更严重的dropout问题(dropout是scRNA-Seq数据的一大特点,就是很多基因在某些细胞根本就检测不到表达,但是在另外的细胞却检测为高表达。通常认为这个dropout是因为在文库构建的过程中,有部分基因没有被成功的反转录。),尤其是对于表达水平较低的基因。 10X 技术测序数据由于技术特色在mRNA的3’端有...
10x Genomics 公司使用的主要技术平台是 Chromium 系统。Chromium 系统采用微流控芯片技术,能够将成千上万个单个细胞封装在微水滴中,然后进行单细胞RNA测序。这种技术可以捕获单个细胞的转录组信息,在细胞水平上揭示复杂生物学过程的细节。 image.png 本文综述除了总结了单细胞测序技术在基因组、表观基因组和转录组水平...
Smart-seq2和10X技术是单细胞转录组测序两种常用的方法。它们在样本处理、测序深度、覆盖度和数据分析等方面存在一些区别。 一、样本处理: 1.Smart-seq2: 这种方法需要对单个细胞进行分离和捕获,然后进行细胞裂解和逆转录反应,最后进行扩增和测序。这种方法通常需要较长的操作时间和较高的技术要求。
Smart-seq2的dropout率低于10X,以LT细胞中的HK基因为例Smart-seq2的dropout率也低于10x,表达水平较低...
Smart-seq2和10x这两个单细胞技术是现在初学者进入单细胞领域最需要掌握的,它们代表着单细胞的两个全然不同的发展策略。 绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到,其实并不那么的初学者友好。给大家推荐了一个高度精炼的综述,这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine...
smart-seq2和10x技术的5大差异可以看到smartseq2技术依赖于c1这个仪器每次都是96个细胞一起测序每个细胞的测序量这个综述可能是写错了应该是1m10m为佳不太可能是1001000个m最重要的是它是整个rna分子的全长测序每个细胞都是独立的测序 smart-seq2和10x技术的5大差异 Smart-seq2和10x这两个单细胞技术是现在初学者...
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。