比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测序...
10X Genomics单细胞技术 ChromiumTMSingle Cell 3' Solution是基于10X Genomics平台,能够一次性分离、并标记5000–10000个单细胞,并能在单细胞水平进行检测的技术。该方法基于微流控技术(Microfluidics-based approaches),与Smart有相似的分子生物...
该研究结合10x Genomics和SMART-seq2两种单细胞RNA测序技术,对肝癌患者多个组织的免疫细胞做出了系统性的刻画,分析了免疫细胞动态迁移和状态转化的特征,探索了它们在肝癌治疗上的潜在价值。 课题总体设计图 主要发现 不同组织的免疫组成有较大差异,肿瘤中的巨噬细胞构成腹水中髓系细胞的主要来源。 肿瘤中的巨噬细胞呈...
应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍,当下应用最火热的是10x Genomics公司的Chromium解决方案(以下简称10X)。但是基于2017年Christoph Ziegenhainet al[1]对6种单细胞转录组技术及2019 Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2],某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中,Smart-seq2技术还是一...
Microdropletbased systems微滴系统:Chromium (10× Genomics), ddSEQ (Bio-Rad/Illumina), Nadia (Dolomite), and inDrop (1CellBio) microwell-based systems微孔系统 :Rhapsody (BD) and ICELL8 (Takara) C1/Smart-seq平台, 每次只能分析96个细胞,然后分别获得每个细胞的全长cDNA文库,并可在用户选择的孔中...
技术解读|单细胞转录组:Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? 应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍,当下应用最火热的是10X Genomics公司的Chromium解决方案(以下简称10X)。但是基于2017年Christoph Ziegenhain et al[1]对6种单细胞转录组技术及2019 Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2],某...
5. cDNA扩增完成后酶切片段化并磁珠筛选最适片段,通过末端修复、加A、接头连接Read2测序引物,再以PCR方式构建含有P5和P7接头的cDNA文库即可。 Smart-Seq2和10X Genomics优点与限制 数据差异 张泽民团队通过直接比较两个平台上来自相同CD45细胞样本的scRNA-seq数据,广泛系统地分析评估了各自数据特征。 Smart-seq2在细...
就是如果你想做spike-in去监测转录组的整体变化时，在smart-seq里面比较容易操作，但10xGenomics据我所...
正常情况下,大家只需要按需选择10x或者smart-seq2技术平台做单细胞转录组数据即可,但现在smart-seq2这样的细胞通量很低的技术已经式微了,基本上大家都会选择细胞通量高的平台,尤其是10X单细胞转录组技术。不过大家很可能会被BD技术平台的销售也吸引一下,陷入选择困难症,因为都细胞通量很高!最近在群里看到了一个2024的...
和10x Genomics相比,单细胞检测到的转录本更多。 Smart-Seq2缺点: 由于对聚腺苷酸化的RNA具有选择性,所以不能分析非poly(A)的RNA。 测序reads不带有mRNA链特异性。 2. TargetAmp方法 2.1 简介 TargetAmp方法由Illumina公司旗下的EpiCentre公司开发,可以把少量RNA(最少到1个细胞,约10pg)扩增到ng级,以达到可以进行...