1.油滴凝胶珠捕获单细胞。 2.单细胞裂解,凝胶珠上的PolyT会捕获mRNA的PloyA尾 3.测序 4.按照barcode分类细胞 5.按照UMI去重复reads 建库 10× genomics测序与illumina契合度很高,与illumina平台建库方法差不多 PolyT捕获mRNA mRna打断 第一链合成 第二链合成 ...
自此,单细胞转录组文库构建完成,接着就该进行illumina测序。 NGS | illumina测序原理简述 参考文章: https://www.10xgenomics.com/cn/support/single-cell-gene-expression/documentation/steps/library-prep/chromium-single-cell-3-reagent-kits-user-guide-v-3-1-chemistry-dual-index https://www.10xgenomics.com...
#设置工作路径setwd('E:/project/test/')dir='E:/project/test/cellranger'#设置样本名samples=c("100","400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动...
本文将详细探讨10xGenomics在单细胞转录组测序中的具体流程。 一、细胞准备与捕获 首先,需要对样本进行预处理,包括细胞的分离和纯化。10xGenomics的Chromium系统可以对数千至数万个细胞进行单细胞悬液的制备。每个细胞会被封装到一个微小的油滴中,形成“ Gel Bead in Emulsion”(GEMs),确保每个细胞的转录组被独立捕获...
信息数据分析流程 测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
10x Genomics单细胞RNA测序是一种在单细胞水平上利用RNA测序对特定细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。其主要目的是研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题。 其建库原理及步骤如下: 1. 将准备好的单细胞悬液通过全自动的仪器Chromium Controller快速进行单细胞GEMs(Gene...
4. 单细胞亚群分类与分类结果可视化:细胞亚群聚类、分类结果可视化(TSNE图); 5. Peak注释:peak相关基因注释、peak相关基因GO/KEGG功能富集分析; 6. TF motif富集分析; 7. 亚群染色质易接近性差异分析; 8. 核心转录因子调控网络。 和10x Genomics 转录组关联分析。 样品要求/项目周期 请咨询当地销售或拨打电话:02...
本文概述了执行10x Genomics单细胞RNA测序的实验流程。 实验流程: 样本准备: 使用适当的方法(如FACS或显微切割)从生物样本中分离目标细胞。 通过进行活/死细胞染色并在显微镜下检查,确保细胞活力和质量。 Chromium单细胞3'文库制备试剂盒: 根据制造商的说明准备Chromium单细胞3'试剂盒。 将细胞和试剂加载到Chromium ...
测序策略 测序平台:BGISEQ平台 测序读长:PE100 信息分析流程 测序得到的原始数据我们称之为Raw reads,之后我们会根据10X Genomics单细胞RNA-Seq独特的文库结构,对Reads的Barcode 、 UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果,进...