然后,这些GEMs被收集到储液器里,Gel beads溶解释放出Barcode序列,开始对样本进行标记。最后,把每个液滴中含有Barcode信息的产物混合在一起,构建标准测序文库。 原理揭秘 🔬 10x Genomics Chromium™系统的核心就是利用上百万独特的Barcode标记不同的样品(长链DNA分子/单细胞)。这个技术真的是相当巧妙,通过Barcode序列...
测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
图2 GemCode平台单细胞RNA-Seq工作流程图 测序策略 测序平台:BGISEQ平台 测序读长:PE100 信息分析流程 测序得到的原始数据我们称之为Raw reads,之后我们会根据10X Genomics单细胞RNA-Seq独特的文库结构,对Reads的Barcode 、 UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比...
10x Genomics利用液滴法的原理,通过微流控、油滴包裹和Barcode标记等技术,实现大规模的单细胞分离、标记,主要流程包括以下步骤: Step0、Prepare your sample(样品制备):酶解样品,制备单细胞悬液 Step1、GEM generation(生成油包水结构体系) Step2、Construct your 10x library(文库构建):构建用于测序的cDNA文库 Step3...
10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术公司,可以应用于多种单细胞测序上,包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC,简而言之可以理解为从mRNA捕获到下机的一整套流程,是目前最常用的技术。 10X Genomics Workflow 1、了解Gel beads(凝胶微珠) Gel bead...
单细胞RNA-seq基本流程图 应用方向 大规模细胞图谱构建 细胞亚群细化&稀有细胞类型鉴定 肿瘤方向研究 干细胞发育及分化研究 免疫方向研究 发育生物学 生物标志物/疾病分型 …… 中科普瑞单细胞平台介绍—10X Genomics单细胞转录组测序服务 ...
10X GENOMICS信息分析流程单细胞测序平台系统集成:细胞分离捕获,微流控芯片扩增,数据分析。解决单细胞测序两大难点:单细胞分离捕获,极低量 RNA 反转录扩增。整体的项目流程从样品接收到项 目交付如下图:结果展示细胞分化轨迹分析示例图 Marker gene鉴定示例图 细胞亚群鉴定示例图 tSNE降维聚类分析示例图汇聚科研工匠·...
单细胞RNA-seq基本流程图 应用方向 大规模细胞图谱构建 细胞亚群细化&稀有细胞类型鉴定 肿瘤方向研究 干细胞发育及分化研究 免疫方向研究 发育生物学 生物标志物/疾病分型 …… 中科普瑞单细胞平台介绍—10X Genomics单细胞转录组测序服务 ...
10x Genomics单细胞平台,通过微流控系统将单细胞快速分配到油包水的微反应体系中,每个微反应体系中的原始分子会获得唯一的特异性分子标签(Barcode),制备生成的测序文库可以在Illumina平台进行测序,10x Genomics提供数据分析Cell Ranger及可视化软件Loupe Browser,测序实验及分析流程可以和Illumina系统无缝衔接。 10xGenomics...
图1. FFPE样本可用的前沿技术 一FFPE样本单细胞转录组测序 1.1 实验原理 针对FFPE切片,使用二甲苯脱蜡;使用胶原酶、胰蛋白酶等多种酶来消化组织,制备单细胞悬浮液,进而抽核得到细胞核样本;建库时采用靶向基因的探针对杂交目标RNA分子后连接的原理,进而完成文库构建的过程;该方法可以用来分析数千个至数万个细胞核的...