测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
单细胞建库测序流程 单细胞测序的三个基本步骤。 小果会从样本的制备开始,然后讲解10×genomics文库构建和测序的原理及其优势。 单细胞样本制备 单细胞样本的制备有以下几种方法。 1.Limiting dilution极限稀释 这一种常用的技术,手动使用移液器通过稀释分离单个细胞。这种方法效率比较低。 2.Micromanipulation显微操纵术...
单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及bulk RNA-seq被掩盖的细胞群内转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。 10x Genomics Chromium系统利用微流控、油包水的微反应体系,通过序列标签(cellbarcode和UMI)区别群体中...
10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
随着单细胞测序技术在生命科学研究领域的广泛应用,单细胞多组学技术应运而生,并且已公开发表了多种检测策略。2019年底,单细胞多组学(Single-cell multimodal omics)被 Nature Method 评为年度技术。 10x Genomi…
传统免疫组库研究方式局限性较大,10X Genomics新推出的“单细胞免疫谱分析”利用其微流控芯片制备单细胞体系,选择5'端接头的通用引物和免疫分子恒定区的巢式引物进行V(D)J富集,实现在单细胞水平,对成对的重链和轻链(B细胞)或α和β链(T细胞)进行全长测序,为免疫组库全面、系统的研究提供了高效的技术平台,对疾...
Result1 单细胞测序揭示了宫颈癌进展过程中独特的免疫景观 为了揭示宫颈癌进展过程中免疫微环境的变化特征，作者对3例正常宫颈，2例HSIL，4例宫颈肿瘤和1例转移性淋巴结的新鲜组织样本进行10× Genomics单细胞测序。经过初步质量控制，最终保留59913个细胞，其中有30968个细胞来自正常宫颈，有10944个细胞来自正HSIL，...
测序得到的原始数据我们称之为Raw reads,之后我们会根据10X Genomics单细胞RNA-Seq独特的文库结构,对Reads的Barcode 、 UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果,进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果,进行KEG...
突然想起来BIOFOUNT做微流控芯片CDMO，怎么也得聊聊微流控领域的独角兽企业，咱们一起看看10xGenomics单细胞测序领域独角兽，如何从技术垄断到生态协同的转型，通过分析其人才结构演变与商业化策略，揭示生命科学科技类企业发展路径。一、技术突破：定义行业标准的底层创新 1.颠覆性微流控技术 通过油包水（droplet-based）...