图1. 10×Genomics 单细胞测序研究流程 单细胞测序常见的实验验证手段有:RNA FISH。免疫荧光实验和单细胞SMART-qPCR、以及针对新的marker基因及富集的信号通路进行功能验证。RNA FISH可以观察到marker基因标记的亚细胞群体在组织中的定位,同时结合特异性表面蛋白标记的特定亚细胞群体,结合免疫荧光实验,也可以观察到细胞在组...
10X Genomics单细胞的是一个综合的单细胞分离及文库构建平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Singlecell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV,Single cellATAC;可以过UMI条形码和Microfluidics微流体技术一次分离并标记100-10000个细胞,测序通量通常为50000reads/per cell左右。 10XGenomics平台...
单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 普通转录组使用细胞混合物...
Moffitt JR在对小鼠的下丘脑进行10×Genomics单细胞测序后,分析得到被marker基因标记的Cluster E-3细胞群体在小鼠下丘脑中有着重要的作用,之后借助基于marker基因设计的探针,使用生物素对探针进行标记,借助荧光显微镜观察到Cluster E-3在3个不同热胁迫处理的分布情况(Moffitt JR,2018;doi:10.1126/science.aau5324)。 ...
10×Genomics技术是由10×Genomics公司和Fred Hutchinson癌症研究中心开发出一种单细胞RNA测序方法,该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。 一、10×Genomics单细胞...
关于10×Genomics单细胞测序的实验和生信分析流程，已详细阐述于前文（10×Genomics单细胞测序），本文将集中探讨数据生成后如何通过实验手段进行验证。实验验证手段包括RNA FISH、免疫荧光实验、单细胞SMART-qPCR、特定细胞群分选、单细胞转录调控机制验证以及细胞群marker基因富集的功能验证。这些方法旨在提供实证...
10×genomics的优势在于细胞通量高,建库周期短,操作简便,具有超高的捕获效率。不足之处在于只能获得3’端的转录本信息,且样本要求高。 图2.10×genomics测序原理 ◎基于微孔板的BD Rhapsody BD Rhapsody技术利用卡式芯片在磁性的寡核苷酸条形码标记微球上实现单细胞捕获...
3.单细胞测序(10×genomics技术)的原理(数据产生) 单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析(cellraner+seurat等)获得多个细胞的基因...
单细胞建库测序流程 单细胞测序的三个基本步骤。 小果会从样本的制备开始,然后讲解10×genomics文库构建和测序的原理及其优势。 单细胞样本制备 单细胞样本的制备有以下几种方法。 1. Limiting dilution极限稀释 这一种常用的技术,手动使用移液器通过稀释分离单个细胞。这种方法效率比较低。
10×Genomics技术是由10×Genomics公司和FredHutchinson癌症研究中心开发出一种单细胞RNA测序方法,该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析,可以全面对接Illumina测序仪,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。