综上所述,RNA-seq上游分析目前来说要比单细胞上游分析思路和方法更多。 那么下面我们来介绍一下转录组上游都能做哪些分析。 1、普通的比对定量分析:普通的定量分析比较简单,基本上是生信的入门操作。定量后的结果可以继续做差异分析、功能富集等等,今天我们主要讨论它的上游分析。 数据质控:在进行RNA-seq分析之前,...
当前RNA-seq测序技术,测序错误率分布存在以下两个特征。 测序错误率随着测序序列(Sequenced Reads)长度的增加而升高。这是由测序过程中化学试剂的消耗导致的,为Illumina高通量测序平台所具有的特征。 前6个碱基具有较高的测序错误率,此长度恰好为RNA-seq建库过程中反转录所需的随机引物长度。前6个碱基测序错误率较高...
SAM/BAM文件和GTF/GFF/SAF文件需要来自同一个参考基因组,即必须参考基因组和GTF/GFF/SAF文件来自同一个网站,同一个版本 如果是RNA-seq,则最好不要允许read/fragment的overlap(不要加 -O 参数),如果是chip-seq实验,我们建议保留 如果在计数meta-feature的时候,在同一个meta-feature中overlap两个feature的read/fr...
FastQC用于检测序列格式和质量，是数据质量检查的关键工具。随后，利用trim_galore进行数据预处理，其主要功能包括去除低质量碱基和接头adapter。在比对阶段，hisat2是RNA-seq的理想选择，它处理跨区域read的能力优于其他工具。选择合适的参考基因组和gtf文件对结果至关重要，一般推荐primary_assembly版本以避免...
以下是一份详尽且实用的RNA-Seq上游分析教程的概要，涵盖了从安装配置到结果解读的各个环节。首先，通过清华大学源安装Miniconda3，执行脚本bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，安装过程中需确认安装并可能需要手动调整环境变量。 配置完成后，设置镜像源，确保conda环境的正确使用，如需禁用自动激活...
介绍:安装在linux环境中(如ubuntu,或者学校的集群),可以利用它下载转录组上游分析的工具。 安装:wget (网上的压缩包链接地址)—— tar -zxvf(下载好的*.tar.gz文件)——手动添加路径到.bashrc文件中, 并source 一下——打开~/.condarc文件,将清华镜像源链接添加进去——完成安装。
RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧 主要参考推文合集Linux (qq.com) 本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshellhttps://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/ ...
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