后续还可以进行KEGG,GSEA,GO富集分析 转录组数据分析所需软件列表: 质控fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt ,trim-galore 比对star, hisat2, bowtie2, tophat, bwa, subread 计数htseq, bedtools, deeptools, salmon
比如,转录组分析发现的某些基因在肿瘤细胞中的异常表达,往往可以通过翻译组的进一步研究,加以确认并加深理解。 最新研究显示,通过将转录组和翻译组整合起来,科学家们能够识别出不少关键的生物标志物。举个例子,一项关于肾纤维化的研究发现,一种名为C4orf48的分泌性小肽在肾脏疾病中显著上调,它不仅在转录层面可见,还在...
这种转录组测序及rnaseq数据分析方法, 由以下步骤组成: ①首先totalrna(总rna)→再用oligo(dt)富集mrna(真核生物)→然后将rna随机打断→用随机引物和逆转录酶从rna片段合成cdna片段→再cdna片段末端修复,连接到测序接头→制备测序文库及测序; ②首先totalrna(总rna)→再去除rrna(真核及原核生物)→再用oligo(dt)...
差异分析,以生物学意义的方式定性基因表达量,计算两个比较组的基因表达差异倍数(Fold change),得到显著性P值,然后通过多重假设检验矫正筛选出具有统计学意义的显著差异表达基因,从而为我们挑选目标基因缩小范围,再将结果与后续分析点相结合,如富集分析等,以探究相关的生物学过程和分子机制。 https://www.omicshare.com...
黄樟全长转录组测序与不同化学型RNA-Seq分析系统是由江西省林业科学院著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1820316,属于分类,想要查询更多关于黄樟全长转录组测序与不同化学型RNA-Seq分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
转录组分析我们从以下四个部分展开:数据获取和预处理转录本定量差异表达分析功能富集分析参考序列比对:在RNA测序数据分析中,由于可变剪切的存在,对reads进行splice比对是至关重要的。推荐使用 hisat2 和 STAR 这两个工具进行splice比对,适合处理二代测序RNA-Seq数据。对于三代测序RNA-Seq数据,可以考虑使用 minimap2 或...
差异表达分析 1 DESeq2/edgeR差异分析 差异分析,以生物学意义的方式定性基因表达量,计算两个比较组的基因表达差异倍数(Fold change),得到显著性P值,然后通过多重假设检验矫正筛选出具有统计学意义的显著差异表达基因,从而为我们挑选目标基因缩小范围,再将结果与后续分析点相结合,如富集分析等,以探究相关的生物学过程...
本研究通过WGBS和对应的RNA-seq对人的全血DNA甲基化水平和转录组基因表达进行全基因组测序分析,证明了与吸烟潜在相关的分子变化。通过比较吸烟者和非吸烟者的DNA甲基化水平,发现吸烟诱导的DMR在高甲基化和低甲基化区域具有不同的分布模式。此外,通过DNA甲基化组和转录组数据的多组学功能和相关性分析进一步鉴定和验证了...