转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; (3)分析不同作用因子...
在中心法则中,RNA处于重要的中央枢纽地位,转录组作为生信科研中的“万金油”,几乎可以与所有的组学产品联合分析。转录组代表了基因表达的中间状态,可以反映诸如转录调控、转录后调控的机理;蛋白组代表生物体直接功能执行状态,可以反应转录本真实的表达情况;而代谢组可以反映生物体表型的状态变化。转录组+蛋白组+代谢组的...
同时,转录组与翻译组间的相关性(R=0.37)比转录与蛋白(R=0.13)、翻译与蛋白(R=0.12)间更强。 图6.蛋白组及多组学相关性分析 (A) 差异蛋白的数量;(B) 基于蛋白质组的top10 KEGG富集通路;(C) 三组学共表达韦恩图;(D) mRNA与RPFs数据的相关性;(E) mRNA与蛋白质数据的相关性;(F) RPFs与蛋白质数据的...
转录组+蛋白组的联合分析的从差异基因和差异蛋白入手进行关联分析,使用KEGG的注释信息来对转录组和蛋白组进行关联,注释到同一个KEGG Functional ortholog编号(K 开头的编号)的基因和蛋白被记为一对有关联的基因和蛋白。如果使用转录组数据建库,得到的蛋白ID与转录本ID格式相同,通过人为指定的方式将基因和蛋白一一对应起...
利用转录组+蛋白组+代谢组三组学联合研究模式,可以更有效挖掘表型-基因之间的调控关系。然而,细胞是生命活动的基本单元,对细胞的精确认知是理解细胞在生理和病理过程中功能的先决条件。在组织、器官或个体中,细胞具有非常大的异质性,而传统的研究手段针对大量细胞进行分析,得到的是大量细胞的平均结果,无法区分不同细胞对...
本研究整合转录组学和代谢组学与GWAS结果联合分析，发现调节血浆(E，E)-胆红素水平确定了UGT1A1/UGT1A4表达在胆囊病中的可能因果作用，加深了我们对胆红素、哮喘等疾病机制的理解。四、结语 生物体的生命活动是非常复杂的过程，基因、mRNA、蛋白、代谢和环境共同影响着生命系统的表型和性状，因此多组学的联合必定是...
题目:Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish 期刊:PNAS 影响因子:9.504 主要技术:转录组、蛋白质组(Label free)、代谢组 研究背景 在…
通过转录组学和蛋白质组学联合分析作者也确定了几种可能的治疗机制， AC和AL由于它们在体内的代谢特性而在分子机制上有很多共同点：（1）改善线粒体功能，特别是改善OXPHOS过程；（2）增加色氨酸代谢，降低血清素水平；（3）改善自噬，加速含TG和胆固醇的脂质清除。因此为后续研究AC和AL预防和治疗代谢性疾病开拓了新...
转录组是研究功能基因的利器,通过转录组测序可以得到大量差异基因和众多调控网络,围绕转录组开展的多组学分析策略已是多种类型高分文章的“法宝”。代谢组学是继基因组学、转录组学、蛋白质组学后出现的新兴“组学”,是生物体表型的基础和直接体现者,研究的...
RNA-seq;基于DIA的蛋白质组学;非靶向代谢组学 样本信息 90个临床血液样本 研究过程及结果 研究者收集了健康受试者以及患有PBS和无痰血瘀症(NPBS)的CHD患者的血液样本,通过对样本进行转录组、蛋白质组和代谢组学分析来比较它们之间的差异。生物信息学分析确定了差异的分子以及相关的生物过程和途径。