转录组+蛋白组的联合分析的从差异基因和差异蛋白入手进行关联分析,使用KEGG的注释信息来对转录组和蛋白组进行关联,注释到同一个KEGG Functional ortholog编号(K 开头的编号)的基因和蛋白被记为一对有关联的基因和蛋白。如果使用转录组数据建库,得到的蛋白ID与转录本ID格式相同,通过人为指定的方式将基因和蛋白一一对应起...
转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; (3)分析不同作用因子...
在中心法则中,RNA处于重要的中央枢纽地位,转录组作为生信科研中的“万金油”,几乎可以与所有的组学产品联合分析。转录组代表了基因表达的中间状态,可以反映诸如转录调控、转录后调控的机理;蛋白组代表生物体直接功能执行状态,可以反应转录本真实的表达情况;而代谢组可以反映生物体表型的状态变化。转录组+蛋白组+代谢组的...
同时,转录组与翻译组间的相关性(R=0.37)比转录与蛋白(R=0.13)、翻译与蛋白(R=0.12)间更强。 图6.蛋白组及多组学相关性分析 (A) 差异蛋白的数量;(B) 基于蛋白质组的top10 KEGG富集通路;(C) 三组学共表达韦恩图;(D) mRNA与RPFs数据的相关性;(E) mRNA与蛋白质数据的相关性;(F) RPFs与蛋白质数据的...
由此猜测在85 DAF至115 DAF这个阶段内,是脂质合成的关键时期。于是,为了全面系统地了解元宝枫脂质合成的分子机制,作者将这两个时期的种子分别进行了转录组、翻译组、蛋白组和脂质代谢组分析。 图2. 115 DAF和85 DAF元宝枫种子的脂质体合成情况 2.不同时期元宝枫种子的转录组、翻译组、蛋白联合分析...
基于血液的蛋白质组学也鉴定出了20 种亚型特异性蛋白质(图8C),其预测F1、F2和F3 亚型的AUC 分别为0.932、0.827和0.884(图8D)。与基因组分析一致,AFP和SPP1 被确定为F1亚型的血清生物标志物。随后,用蛋白质组和代谢组分类方法重复了...
众所周知,生物体的表型由 DNA、RNA、蛋白质及代谢物等各个层面调控决定,基因组、转录组、蛋白组和代谢组等多组学联合分析已成大势所趋。mRNA 研究可以获得样本之间差异基因、复杂调控网络,而基因与表型不能直接关联,难以鉴定控制关键途径的结构及调控基因。。因此转录组的表达,不能直接证明表型是否发生变化。对于代谢...
多组学技术是近几年高分文章较多使用的一类研究手段,其主要内容包括对基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表观基因组学等多种类型的生物数据进行整合和分析; 转录组技术彻底改变了分子生物学领域,并导致了多个相关研究领域的出现,例如功能基因组学、系统生物学、单细胞转录组、癌症基因组学、免疫基因组学、...
转录组是研究功能基因的利器,通过转录组测序可以得到大量差异基因和众多调控网络,围绕转录组开展的多组学分析策略已是多种类型高分文章的“法宝”。代谢组学是继基因组学、转录组学、蛋白质组学后出现的新兴“组学”,是生物体表型的基础和直接体现者,研究的...
基因与蛋白之间,从来都不是“单向奔赴”的,它们互相影响互相作用,从而才能产生特定的生物功能。想要深入挖掘其中错综复杂的分子关系,就需要将转录组学与蛋白组学结合起来分析。转录组与蛋白组相结合,上可研究基因的起始表达对蛋白形成的影响,下可挖掘基因表达产物对基因表达的反调控作用。