转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; (3)分析不同作用因子...
在中心法则中,RNA处于重要的中央枢纽地位,转录组作为生信科研中的“万金油”,几乎可以与所有的组学产品联合分析。转录组代表了基因表达的中间状态,可以反映诸如转录调控、转录后调控的机理;蛋白组代表生物体直接功能执行状态,可以反应转录本真实的表达情况;而代谢组可以反映生物体表型的状态变化。转录组+蛋白组+代谢组的...
转录组+蛋白组的联合分析的从差异基因和差异蛋白入手进行关联分析,使用KEGG的注释信息来对转录组和蛋白组进行关联,注释到同一个KEGG Functional ortholog编号(K 开头的编号)的基因和蛋白被记为一对有关联的基因和蛋白。如果使用转录组数据建库,得到的蛋白ID与转录本ID格式相同,通过人为指定的方式将基因和蛋白一一对应起...
题目:Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish 期刊:PNAS 影响因子:9.504 主要技术:转录组、蛋白质组(Label free)、代谢组 研究背景 在…
众所周知,生物体的表型由 DNA、RNA、蛋白质及代谢物等各个层面调控决定,基因组、转录组、蛋白组和代谢组等多组学联合分析已成大势所趋。mRNA 研究可以获得样本之间差异基因、复杂调控网络,而基因与表型不能直接关联,难以鉴定控制关键途径的结构及调控基因。。因此转录组的表达,不能直接证明表型是否发生变化。对于代谢...
RNA-seq;基于DIA的蛋白质组学;非靶向代谢组学 样本信息 90个临床血液样本 研究过程及结果 研究者收集了健康受试者以及患有PBS和无痰血瘀症(NPBS)的CHD患者的血液样本,通过对样本进行转录组、蛋白质组和代谢组学分析来比较它们之间的差异。生物信息学分析确定了差异的分子以及相关的生物过程和途径。
蛋白质组学和代谢组学结果表明,PAAD中多种代谢过程被异常调控,这种失调与TAM2浸润水平有关。WGCNA证实了丙酮酸和糖酵解/糖异生是TAM2在PAAD中共同表达的代谢途径。基于转录组数据,作者将PAAD样本分为4种与TAM2相关的代谢亚型。代谢亚型各具有临床预后、肿瘤微环境、免疫细胞浸润、化疗药物敏感性和功能机制等特征...
DEPs的KEGG分析表明,“代谢途径”、“谷胱甘肽代谢”和“脂肪酸代谢”显著富集(图3)。转录组和蛋白质组的KEGG富集前20项均包含“谷胱甘肽代谢”和“酪氨酸代谢”途径(图3)。Na2SeO4处理后,GO富集前4个生物学过程项目与RNA和DNA代谢有...
3,组间差异物种分析 4,Lefse分析, 5,功能分析 6,关联环境因子 第五节(周六9:00-11:30) 代谢组学与转录组学、蛋白组学联合分析 1,KEGG数据库的使用 2,代谢通路、富集分析通路的查询 3,整合分析 4,Metscape的使用 5,联合分析...
型号:转录组+蛋白质组+代谢组联合分析 样本: 上海中科新生命生物科技有限公司 获取底价在线客服 查看同类蛋白质组学及多组学联合仪器 型号品牌PIPES指数 GO功能注释及富集分析百泰派克8.2 修饰蛋白定量分析中科新生命7.9 鹿明生物第31期蛋白组学培训鹿明生物7.9 ...