(1)两组学的联合分析可以获得基因的转录组与蛋白组学表达水平,实现两者的互补,对特定状态下生物体中mRNA和蛋白质表达水平进行全方位分析。 (2)将转录组和蛋白组联合分析可以获得对差异表达的深层分析,挖掘受转录后调控的差异基因或差异蛋白,寻找并验证某些重要的调控通路。 (3)对于那些蛋白数据库缺乏或注释不全的物...
转录组和蛋白组联合分析在生物学和医学研究中具有重要的优势,主要体现在以下几个方面: 1.全面性 转录组分析关注基因表达水平,而蛋白组分析则关注蛋白质的表达水平。联合分析可以提供更全面的生物学信息,从基因到蛋白质的全景视图,帮助研究者更好地理解细胞功能和生物过程。 2.功能验证 转录组数据可以揭示哪些基因在特...
综上所述,本案例主要是以“转录组+DIA蛋白组”作为组学研究策略,分析思路如下所示, 1、单组学分析:差异分析、富集分析; 2、关联分析:共富集通路分析、PPI网络分析→确定关键富集通路、筛选目的基因; 3、目的基因功能研究:目的基因序列组成分析、编码蛋白结构预测;目的基因对菌株生物功能的影响。 案例中的组学分析内容...
转录组测序是基于高通量测序技术，对特定生物样本中所有RNA转录本进行测序，从而获取基因表达水平、转录本结构变异等信息。这种方法具有高通量、高灵敏度和高分辨率的特点，能够全面反映生物体内转录水平的动态变化。蛋白组测序则是利用质谱技术等方法，对生物样本中的蛋白质进行定性和定量分析。蛋白组测序能够直接反映蛋白质...
转录组+蛋白组的联合分析的从差异基因和差异蛋白入手进行关联分析,使用KEGG的注释信息来对转录组和蛋白组进行关联,注释到同一个KEGG Functional ortholog编号(K 开头的编号)的基因和蛋白被记为一对有关联的基因和蛋白。如果使用转录组数据建库,得到的蛋白ID与转录本ID格式相同,通过人为指定的方式将基因和蛋白一一对应起...
将MRL/lpr小鼠的BMDM分为对照组(A)、一次刺激组(B)和二次刺激组(C),(见图1),并进行转录组学分析。结果发现,与未刺激的BMDM相比,在一次刺激和二次刺激时,有某些共同的差异基因参与了组蛋白甲基化和乙酰化过程。 图4 MRL/lpr小鼠BMDM二次刺激后的转录组学分析结果 ...
转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; ...
转录组和蛋白组分析是研究真核生物基因组的两种最重要的技术之一,转录组法可以反映mRNA的表达状态,从而获得基因的功能;而蛋白组分析法能够反映蛋白质的表达状态,因此可以获得蛋白质的结构和功能。 联合分析是利用转录组与蛋白组联合对基因和蛋白质进行系统分析的一种方法。通过联合分析基因与蛋白质的关系,可以获得基因...
1.转录组:通过RNA测序(RNA-seq)获取mRNA表达数据。 2.蛋白组:通过质谱(MS)或蛋白质芯片获取蛋白质表达数据。 二、数据预处理 1.质量控制、标准化和归一化处理。 2.去除噪音和低质量数据。 三、数据整合与分析 1.差异表达分析:识别在不同条件下显著变化的基因和蛋白质。
作者通过对小鼠缺血性心肌损伤模型的心脏瘢痕组织及正常心脏组织的转录组和蛋白组分析发现,V型胶原蛋白是创伤后心脏功能的关键驱动因素。结果表明V型胶原蛋白缺乏改变了疤痕组织的机械性能,改变基质和细胞之间的相互反馈如诱导机械敏感性整合素的表达,从而驱动成纤维细胞激活并增加了瘢痕的大小。Cilengitide肽(一种特异性...