转录组和蛋白组分析是研究真核生物基因组的两种最重要的技术之一,转录组法可以反映mRNA的表达状态,从而获得基因的功能;而蛋白组分析法能够反映蛋白质的表达状态,因此可以获得蛋白质的结构和功能。 联合分析是利用转录组与蛋白组联合对基因和蛋白质进行系统分析的一种方法。通过联合分析基因与蛋白质的关系,可以获得基因...
转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; (3)分析不同作用因子...
(2)一次刺激与二次刺激后BMDM的转录组学分析 将MRL/lpr小鼠的BMDM分为对照组(A)、一次刺激组(B)和二次刺激组(C),(见图1),并进行转录组学分析。结果发现,与未刺激的BMDM相比,在一次刺激和二次刺激时,有某些共同的差异基因参与了组蛋白甲基化和乙酰化过程。 图4 MRL/lpr小鼠BMDM二次刺激后的转录组学分析...
与转录组结果类似,作者发现超过20%的蛋白质(2414个蛋白中的513个)在dHC和vHC之间存在差异表达(p <0.005,log2FC >±0.3)(图1E)。接着将转录组数据和蛋白质组数据联合分析发现,有171个基因在mRNA和蛋白质表达水平均发生了显著变化(图1G),其中有151个基因的mRNA和蛋白质表达呈正相关(r =0.56, n = 171,p...
本研究使用亚硒酸盐和硒酸盐处理茶树后进行了转录组和蛋白质组测序和分析,获得了差异表达基因和差异表达蛋白。GO分析结果表明,Na2SeO3处理后,氨基酸和蛋白代谢、还原反应强烈上调。KEGG分析结果表明,参与氨基酸和谷胱甘肽代谢的基因上调,参与...
在本研究中,我们构建了激光诱导的CNV小鼠模型,然后结合蛋白质组学和转录组学(即蛋白质转录组)分析,以确定CNV发病所涉及的核心基因,生物过程和信号通路。此外,我们重点关注干扰素β(IFN-β)的功能以及CNV的相关潜在治疗。 研究思路 研究结果 1. 转录本改变和CNV视网膜中富集的生物学途径 ...
1.喜树转录组和蛋白质组概述 通过对10个组织进行Illumina UMI RNA-seq测序,产生了6.03亿条去重复的UID reads,用于基因定量,为研究CPT生物合成及其调控提供了准确的表达图谱。 5种喜树组织的ONT全长转录组测序共产生了8079万条clean reads,每个样品的平均reads长度为1033-1293bp(表1)。73%以上的clean reads被鉴定为...
为了探究蛋白质组亚型和磷酸化蛋白质组亚型对itraq结果的前436种不同表达的蛋白质进行聚类分析发现了两个不同的集群一类包含所有basal和唯一的cldnlow乳腺肿瘤whim12另一类包含所有luminalb和her2e乳腺肿瘤 蛋白组和转录组联合分析如何搞事情? 蛋白质是生命功能的执行者,其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病...
下面我们来看看一篇发表在nature communication上的文章,利用蛋白组和转录组联合分析揭示乳腺癌异种移植的治疗靶点。 人源性肿瘤组织异种移植(patient-derived xenografts,PDX)是指将患者的新鲜肿瘤组织处理后移植到免疫缺陷鼠上,依靠小鼠提供的微环境进行生长。PDX模型保持了源病人肿瘤的组织病理学特征和肿瘤遗传学特征,为...
蛋白质组分析与转录组水平的数据一致: 本研究将蛋白质组结果与两个独立的转录组研究进行了比较,以评估301个DEPs在转录组表达水平上的可靠性和重现性。GSE115067数据集引入了一个挫伤SCI模型。对200 kdyn组和对照组的DEGs进行分析。在与本研究和200 kdyn样本相关的蛋白...