(7)蛋白质组学和转录组学结果之间的相关性 比对二次刺激后MRL/lpr小鼠BMDM中显著上调的基因和蛋白质(所有三个比较中上调的DEG和DEP),发现5个分子(Calhm6,Isg15,Gbp2,Iigp1,Ifi47)在转录组和蛋白质组中一致上调,而1个分子(Samhd1)在蛋白质组中下调,在转录组中上调。 表1 显示转录组和蛋白质组相关性的...
与转录组结果类似,作者发现超过20%的蛋白质(2414个蛋白中的513个)在dHC和vHC之间存在差异表达(p <0.005,log2FC >±0.3)(图1E)。接着将转录组数据和蛋白质组数据联合分析发现,有171个基因在mRNA和蛋白质表达水平均发生了显著变化(图1G),其中有151个基因的mRNA和蛋白质表达呈正相关(r =0.56, n = 171,p...
转录组学和蛋白质组学的关联分析显示,转录组和蛋白质组数据之间的相关性不是特别强(图3B)。GO富集分析,发现在所有5种组织都富集的基因/蛋白质,属于管家基因(图3C)。相反,在单个组织中优先表达的基因/蛋白质通常与相应组织的特殊功能有关。 图3 转录组和蛋白质组的综合分析 通过转录组和蛋白质组联合分析,挖掘了...
3. 转录组学和蛋白质组学的整合 对鉴定出的基因和蛋白质进行匹配分析,确定39个重叠靶点(图 3A),其中16个是协同上调的,13个是协同下调的。此外,相互作用网络中的生物过程涵盖了13种蛋白质(图3B).PPI网络中的关键节点主要涉及上调蛋白,如CRYAA和FGF2。 4. 与昼夜蛋白质组中进餐时间相关的特征 值得注意的是,来...
本研究使用亚硒酸盐和硒酸盐处理茶树后进行了转录组和蛋白质组测序和分析,获得了差异表达基因和差异表达蛋白。GO分析结果表明,Na2SeO3处理后,氨基酸和蛋白代谢、还原反应强烈上调。KEGG分析结果表明,参与氨基酸和谷胱甘肽代谢的基因上调,参与...
蛋白质组分析与转录组水平的数据一致: 本研究将蛋白质组结果与两个独立的转录组研究进行了比较,以评估301个DEPs在转录组表达水平上的可靠性和重现性。GSE115067数据集引入了一个挫伤SCI模型。对200 kdyn组和对照组的DEGs进行分析。在与本研究和200 kdyn样本相关的蛋白...
本研究为了获得海洋微拟球藻IMET1对BL或RL的适应情况,系统地进行了从白光切换到蓝光或红光后转录组和蛋白质组的研究。研究强调了微拟球藻对于光质的不同反应,特别是碳、氮代谢和光合方面。此外,这些新发现揭示了微拟球藻对光质变化的关键适应机制,不仅与环境胁迫有关,而且与工业菌株培养条件的未来优化有关。 论文...
蛋白质组学和代谢组学结果表明,PAAD中多种代谢过程被异常调控,这种失调与TAM2浸润水平有关。WGCNA证实了丙酮酸和糖酵解/糖异生是TAM2在PAAD中共同表达的代谢途径。基于转录组数据,作者将PAAD样本分为4种与TAM2相关的代谢亚型。代谢亚型各具有临床预后、肿瘤微环境、免疫细胞浸润、化疗药物敏感性和功能机制等特征...
主页> 多组学整合分析> 转录组学和蛋白质组学整合分析 转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的集合,代表了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。蛋白质是生命功能的直接执行者,蛋白组是一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。整合...
基于转录组和蛋白质组联合分析氮素运筹缓解春小麦高温早衰的机制doi:10.16213/j.cnki.scjas.2024.5.003【Objective】The study was conducted to explore the molecular mechanism of foliar application of nitrogen to alleviate the premature senescence of spring wheat (Triticum aes...