近年来,随着长读长RNA测序技术(long-read RNA-seq technologies, lrRNA-seq)的迅速发展,对其在转录组分析中的应用前景引发了广泛关注。长读长RNA测序不仅能够提供更完整的转录本信息,还能够解决短读长测序(short-read sequencing)无法有效处理的复杂转录本异构体(transcript isoform)问题。然而,不同的测序平台和分析工...
该研究表明,长读长测序能够更全面地呈现癌症特异性变化,为精准肿瘤学研究和个性化治疗带来新机遇,但仍需进一步提高测序深度以捕获低丰度转录本。 案例2:单细胞全长转录组测序揭示小鼠脑神经元发育成熟不同阶段转录本的多样性 组学研究方法:单细胞全长转录组测序、scRNA-seq 组学测序技术平台:10× Genomics、Illumina、...
然而,这些分析大多基于短读长序列或微阵列数据。先前的研究报告称,与其他器官相比,组织特异性转录本在大脑中更丰富[5],并且它们的表达总体上也升高[6],这表明大脑转录组具有相对特异性。使用长读长测序的转录组技术能够同时读取从5'到3'非翻译区(UTR)和polyA尾部的整个转录本长度,能够捕获更复杂、更精确的转录本...
近年来,随着长读长RNA测序技术(long-read RNA-seq technologies, lrRNA-seq)的迅速发展,对其在转录组分析中的应用前景引发了广泛关注。长读长RNA测序不仅能够提供更完整的转录本信息,还能够解决短读长测序(short-read sequencing)无法有效处理的复杂转录本异构体(transcript isoform)问题。然而,不同的测序平台和分析工...
进一步地,研究团队将JAFFAL应用于六个癌细胞系的长读长转录组测序以证实JAFFAL的准确性。结果显示,与LongGF相比,JAFFAL报告了所有数据集的相同或更多已验证的融合基因(图3)。将JAFFAL应用于两个白血病患者的ONT测序样本,以评估其在真实环境中...
LRGASP项目通过系统评估多种长读长RNA测序技术和分析工具,提供了对当前最佳实践的深入理解和未来改进的方向。 长读长RNA测序技术(long-read RNA-seq technologies, lrRNA-seq)的兴起引发了对其全面评估的需求。为了评估长读长方法在转录组分析中的有效性,长读长RNA测序基因组注释评估项目(Long-read RNA-Seq Genome...
长读长RNA测序,又称为长片段RNA测序,是一种新型的高通量测序技术,它能够捕获并解析全长的转录本,包括剪接变异、启动子、内含子、非编码RNA等复杂的转录结构,从而为我们提供了更为全面和深入的转录组信息。这种技术的出现,极大地推动了转录组学的研究,揭示了转录组分析的新前沿。
为进一步证实JAFFAL的准确性,将其应用于6个癌症细胞系的公开长读转录组测序,融合之前已经使用RT-PCR和Sanger测序进行验证,或者有来自全基因组测序的正交证据表明发生了易位。JAFFAL重新发现了大约一半之前验证过的融合基因(表2)。相比LongGF,JAFFAL报告了所有数据集中相同或更多先前验证过的融合,并将其排名更高(图3A和...
通过Realtime PCR和Sanger测序验证了两个新的融合转录本。总体来说,长读长单分子测序很大程度上拓宽了对食管细胞全长转录组的认识,并对癌变过程中的转录多样性提供了新的认识。 研究背景 什么是食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell cancer,ESCC)?为什么要进行转录组研究?
参考文献 3/94 生工生物转录组测序结题报告 一. 术语解释 Bp: base-pair ,碱基对,读长的单位,每一个bp指一对互补的碱基。 Read: 读长,测序数据中每一条序列就是一个read。 Raw_reads: 原始数据。 Clean_reads: QC之后的数据。 Fastq: 序列数据存储的标准格式之一,每4行为一条read的信息。包含测序read...