首先进行单细胞转录组测序锁定核心细胞亚群,再通过核心细胞亚群的差异表达基因关联下游的代谢图谱;2)基于从面到点的关联思路,先进行代谢组分析寻找总体差异代谢物,再通过差异代谢物相关细胞类型开展单细胞转录组研究。
转录组和代谢组作为两种最常用的组学研究方法，在高分文章常能看到其身影。他们分别研究基因转录的RNA水平和生物体内代谢产物的变化。代谢组与转录组关联分析筛选出可能和表型变化相关的通路来研究，从而在代谢通路上更好地解释转录调控机制。本期为大家盘点部分最新的优秀项目文章以供参考，欧易生物为以下文章提供转录组+...
利用Recon 3D数据库筛选出基因-代谢物底物(substrates),基因-代谢产物(product)关系对,计算相关性并绘制四象限图,发现两组学数据相关性较低(图1A,B),说明肿瘤患者代谢组层面更为复杂。为探究代谢层面的异质性,借助相似性网络融合分析(SNF)可将TNBC患者按照代谢组数据划分为3类患者:C1亚型(以鞘脂和脂肪酸类物质为...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。 (来源于百迈客...
对转录组和代谢组进行O2PLS模型分析,该模型通过计算,将每个组学的数据都分解为三个部分,即关联部分(joint part,两组学共同对应变化,即有关联)、正交部分(Orthogonal part,两组学彼此正交,即互不相关)、噪音部分(noisepart,冗余信息)。挑选两...
对转录组和代谢组进行O2PLS模型分析,该模型通过计算,将每个组学的数据都分解为三个部分,即关联部分(joint part,两组学共同对应变化,即有关联)、正交部分(Orthogonal part,两组学彼此正交,即互不相关)、噪音部分(noisepart,冗余信息)。挑选两个组学数据中的Joint part部分,分别绘制载荷图。通过载荷图初步判断不同数...
对转录组和代谢组进行O2PLS模型分析,该模型通过计算,将每个组学的数据都分解为三个部分,即关联部分(joint part,两组学共同对应变化,即有关联)、正交部分(Orthogonal part,两组学彼此正交,即互不相关)、噪音部分(noisepart,冗余信息)。挑选两个组学数据中的Joint part部分,分别绘制载荷图。通过载荷图初步判断不同数...
高分思路：非靶向代谢组学＋其他组学（多组学联合分析）非靶向代谢组学与转录组学、蛋白质组学、空间...
利用“转录组+蛋白质组”关联分析策略,用于探究生物体转录后调控机制,根据特定状态下的基因和蛋白表达情况,挖掘关键基因/蛋白。 除了这些关联组合,“转录组+代谢组”的分析策略也是高分文章经常使用的策略之一。 为何进行转录组与代谢组关联分析? 代谢物与表型最为接近!一方面,代谢物能反映生物体的真实生理状态,代谢物...