组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/6J小鼠胃肠道进行靶向代谢组检测,获取吲哚化合物含量;对使用抗生素氨苄西林(Amp)处理、耐万古...
本研究通过转录组和代谢组联合分析揭示了木瓜在整个果实发育过程中生物活性化合物和相关基因的变化。代谢组学分析结果揭示不同果实发育过程的主要代谢物变化,转录组学分析鉴定与黄酮类倍半萜类途径有关化合物及其相关基因,以及差异基因与top20差异代谢物的互作网络,筛选出bHLH25可能调节糖和酸、生物碱和倍半萜。 图6....
WGCNA分析:通过基因相似的表达模式,将基因归类到数个模块中,与代谢组学中关键通路的显著变化代谢物丰度作为性状数据进行相关性分析,从而找到与关注的代谢过程最相关的模块,并构建共表达调控网络,鉴定关键基因。 相关性分析:基于基因表达量和代谢物含量计算基因和代谢物的相关性系数,推荐Pearson算法。这个方法原理其实和WGC...
转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
代谢组与转录组联合分析的方法 1)基于代谢通路分析的关联分析 基于两组变化显著的基因和代谢物共同富集到的通路关系,可能在一条或几条通路中基因的表达水平发生改变导致下游的代谢物水平同时发生变化,最终影响到生物体表型发生明显变化,这样可以说明基因和代谢物及表型之间的直接关系。对共有通路使用气泡图展示其通路的...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。
一、转录组+代谢组联合分析 转录组和代谢组是两种重要的生物学研究方法，他们分别研究基因转录的mRNA水平和生物体内代谢产物的变化。转录组是研究功能基因的利器，主要是测定某一时期生物体在特定条件下基因的表达谱，即对RNA进行鉴定和定量，表达谱能反映机体的生理状态，如通过分析差别表达情况，去判定机体癌症相关的...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
联合分析思路 1.首先通过单细胞转录组测序,锁定核心细胞亚群,再通过核心细胞亚群的差异表达基因,关联下游的代谢图谱,起到验证单细胞结论的作用。 2.先进行代谢组分析,识别出那些具有显著差异的代谢物,再通过单细胞转录组测序锁定相关基因和代谢通路,实现从发现现象到机制解析的过程。
一、转录组+代谢组联合分析 转录组和代谢组是两种重要的生物学研究方法,他们分别研究基因转录的mRNA水平和生物体内代谢产物的变化。 转录组是研究功能基因的利器,主要是测定某一时期生物体在特定条件下基因的表达谱,即对RNA进行鉴定和定量,表达谱能反映机体的生理状态,如通过分析差别表达情况,去判定机体癌症相关的病变...