一、PDB数据库 简介蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)自1971年创建以来,已成为国际上最著名且最完整的蛋白质三维结构数据库。PDB数据库收录了通过X射线晶体学、核磁共振(NMR)光谱学、冷冻电镜等实验…
PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)(rcsb.org/)是美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的,由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,RCSB)维护。PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库,是通过X射线单晶衍...
(3)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合 (4)制作蛋白相互作用动画 (5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用 第二天上午 同源建模 1.同源建模原理介绍 1.1同源建模的功能及使用场景 1.2同源建模的方法 2. Swiss-Model同源...
PDB数据库的维护由结构生物信息学研 究合作组织(Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB)负责。 PDB数据库蛋白结构数据库简介 2.数据来源 通过实验(X射线晶体衍射,核磁共振, 电子显微镜方法等)测定的生物大分子的三 维结构。 主要是蛋白质的三维结构,还包括核酸、 糖类、蛋白质与核酸复合物的三维...
PDB(Protein Data Bank)数据库是一个收集并存储蛋白质结构信息的国际性数据库。它包含了大量蛋白质的三维结构数据,其中包括蛋白质的结合位点信息。通过访问PDB数据库,我们可以获取并分析蛋白结合位点的相关信息。 本文将介绍PDB数据库蛋白结合位点的相关内容,包括PDB数据库的概述、蛋白结合位点的定义和分类、蛋白结合位点...
Autodock 分子对接 [1] - 准备蛋白小分子3D结构pdbqt文件 钰沐菡-YuMuhan 9.0万 63 02:05 PDB数据库 如何筛选蛋白质 分子对接准备 甜橙zzz 4.8万 6 13:32 分子对接 - 怎么从PDB数据库选蛋白结构 钰沐菡-YuMuhan 10.7万 71 33:29 分子对接:autodock vina和 pymol蛋白处理、可视化 柒月玖玖玖诗...
PDB即蛋白质数据库,是一个专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的国际数据库。数据库里的结构都是经过X射线、核磁、冷冻电镜等试验技术测得的。本期视频我们将向大家介绍蛋白质数据库PDB的使用方法,教大家如何使用PDB数据库检索蛋白质用于生物信息学研究。, 视频播放
在PDB数据库主页的搜索框中输入关键词或PDBID,可以快速找到与输入相关的蛋白质结构数据。以下是基本搜索的步骤:1.打开PDB数据库网站(())。2.在搜索框中输入关键词或PDBID。3.搜索按钮,系统将显示与相关结构数据匹配的结果。3.2高级搜索高级搜索提供了更多的搜索选项和过滤条件,可以更精确地查找蛋白质结构数据。以下...
PDB 正文: 1.简介 1.1 PDB数据库简介 1.2 目的和用途 2.访问PDB数据库 2.1 网页界面 2.2 编程接口 3.数据搜索与筛选 3.1 关键字搜索 3.2 高级搜索 3.3 过滤和排序 4.数据浏览与可视化 4.1 蛋白质结构展示 4.2 结构对比和比对 4.3 可视化工具介绍 5.数据与导出 5.1 单个结构 5.2 批量数据 5.3 数据格式转换...
PDB数据库中查找蛋白质结构数据 1.引言 - 背景介绍 - 目的说明 2.数据来源 - PDB数据库简介 - 数据收集方式 - 数据质量评估 3.数据检索 - 数据检索接口介绍 - 检索条件说明 - 高级检索技巧 4.数据 - 数据接口介绍 - 文件格式 - 批量技巧 5.数据解析与分析 - 常用解析工具介绍 - 解析数据格式说明 - 数...