蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_百度百科。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究...
布鲁克海文蛋白质数据库（The BrookHaven Protein Data Bank，PDB）是经实验测定的生物大分子三维结构数据档案，服务于全球科研、教育工作者和学生。其内容包括原子坐标、参考文献、一级和二级结构信息,也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据。PDB时事通讯和CDROM每三个月发布一次。PDB概述 ---PDB由美联邦政府代理基金会与...
以批量下载蛋白质的PDB结构为例,将蛋白的PDB ID写入至.txt文件中,每个PDB ID以逗号隔开,如下所示:然后输入以下命令即可一键下载:./batch_download.sh -f list_file.txt -p 当然,实际操作中,也不仅限于.txt文档,我们从其它软件导出数据时,可能.csv格式更为方便,比如笔者这里首先使用药效团数据库对目标分子进行...
国际蛋白质结构数据库(PDB)全称为Protein Data Bank,是全球最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库。PDB网址https://www.wwpdb.org/,用户可以经由网络免费访问,是结构生物学研究的重要资源。 1、PDB发展史 ...
PDB数据库由RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)维护,你可以通过访问其官方网站来查询蛋白质的结构信息。 访问链接:RCSB PDB: Homepage 在PDB数据库中搜索目标蛋白质: 在PDB数据库的搜索栏中输入蛋白质的名称或关键字,进行搜索。例如,如果你想要查询某个特定蛋白质的结构信息,可以直接输入该蛋...
蛋白质数据库Protein Data Bank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库,网址是http://www.rcsb.org。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要...
PDB即蛋白质数据库,是一个专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的国际数据库。数据库里的结构都是经过X射线、核磁、冷冻电镜等试验技术测得的。本期视频我们将向大家介绍蛋白质数据库PDB的使用方法,教大家如何使用PDB数据库检索蛋白质用于生物信息学研究。, 视频播放
PDB 正文: 1.简介 1.1 PDB数据库简介 1.2 目的和用途 2.访问PDB数据库 2.1 网页界面 2.2 编程接口 3.数据搜索与筛选 3.1 关键字搜索 3.2 高级搜索 3.3 过滤和排序 4.数据浏览与可视化 4.1 蛋白质结构展示 4.2 结构对比和比对 4.3 可视化工具介绍 5.数据与导出 5.1 单个结构 5.2 批量数据 5.3 数据格式转换...
二、检索蛋白质结构数据的基本步骤 ⒈打开PDB数据库网站()。 ⒉在主页上的搜索框中输入蛋白质的名称或相关关键词。 ⒊“搜索”按钮进行查询。 三、搜索结果页面解读 ⒈结果列表:显示与搜索关键词相关的蛋白质结构数据的列表。 ⒉结果过滤器:可根据不同的标准对结果进行筛选,如生物大分子类型、解析度等。 四、查看...