蛋白质结构数据库(ProreinData Bank，PDB)是1971年创建的国际上最著名、最完整的蛋白质三维结构数据库。另外还有蛋白质分类数据库SCOP和CATH。SCOP是英国医学研究委员会分子生物学实验室和蛋白质工程中心开发的基于Web的蛋白质结构分类、检索和分析系统。CATH是另一个著名的蛋白质分类数据库，由英国伦敦大学开发和维护。
PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)(rcsb.org/)是美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的,由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,RCSB)维护。PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库,是通过X射线单晶衍...
蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_百度百科。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究...
以批量下载蛋白质的PDB结构为例,将蛋白的PDB ID写入至.txt文件中,每个PDB ID以逗号隔开,如下所示:然后输入以下命令即可一键下载:./batch_download.sh -f list_file.txt -p 当然,实际操作中,也不仅限于.txt文档,我们从其它软件导出数据时,可能.csv格式更为方便,比如笔者这里首先使用药效团数据库对目标分子进行...
PDB数据库由RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)维护,你可以通过访问其官方网站来查询蛋白质的结构信息。 访问链接:RCSB PDB: Homepage 在PDB数据库中搜索目标蛋白质: 在PDB数据库的搜索栏中输入蛋白质的名称或关键字,进行搜索。例如,如果你想要查询某个特定蛋白质的结构信息,可以直接输入该蛋...
PDB即蛋白质数据库,是一个专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的国际数据库。数据库里的结构都是经过X射线、核磁、冷冻电镜等试验技术测得的。本期视频我们将向大家介绍蛋白质数据库PDB的使用方法,教大家如何使用PDB数据库检索蛋白质用于生物信息学研究。, 视频播放
国际蛋白质结构数据库PDB 国际蛋白质结构数据库(PDB)全称为Protein Data Bank,是全球最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库。PDB网址https://www.wwpdb.org/,用户可以经由网络免费访问,是结构生物学研究的重要资源。
PDB 正文: 1.简介 1.1 PDB数据库简介 1.2 目的和用途 2.访问PDB数据库 2.1 网页界面 2.2 编程接口 3.数据搜索与筛选 3.1 关键字搜索 3.2 高级搜索 3.3 过滤和排序 4.数据浏览与可视化 4.1 蛋白质结构展示 4.2 结构对比和比对 4.3 可视化工具介绍 5.数据与导出 5.1 单个结构 5.2 批量数据 5.3 数据格式转换...
PDB(Protein Data Bank)数据库是一个收集并存储蛋白质结构信息的国际性数据库。它包含了大量蛋白质的三维结构数据,其中包括蛋白质的结合位点信息。通过访问PDB数据库,我们可以获取并分析蛋白结合位点的相关信息。 本文将介绍PDB数据库蛋白结合位点的相关内容,包括PDB数据库的概述、蛋白结合位点的定义和分类、蛋白结合位点...