现成的蛋白-蛋白界面分析的python命令文档确实有,不知道核酸-蛋白有没有 03:10 【运行Python代码】 【在命令框输入命令分析】 06:46 【分析氢键相互作用】 07:43 【分析非极性相互作用】 只能通过测量距离判断是否属于非极性相互作用的范围 09:28 【放假原子】 测量好之后点击完成!!! 不然会一直处在测量模式 【...
界面分类以作者开发的从蛋白质结合部位推导出其界面所具有的疏水性质和氢键性质的计算程序PP_SITE为基础,利用蛋白质结构数据库(PDB),对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行了统计分析.从PDB中挑出非冗余的链间相互作用对,计算出这个数据集中所有链间界面的疏水和氢键相互作用特征.对得到的界面特征进行统计分析,寻找能够明显...
蛋白-蛋白相互作用界面分析 注意: InterfaceAnalyzer不可用于蛋白质-小分子相互作用界面分析。 1 准备输入文件 快速修复输入PBD结构: 使用Rosetta score_jd2 app对输入的PDB文件进行打分是一个快速修复结构的方法,确保输入文件能够正确地被Rosetta读取。(bug提示: 3r2x中存在残基插入码,如A链的264A Gly,因此需要对整...
利用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用界面作用力本期内容一木为大家分享使用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用分析。我们以猪胰蛋白酶(链A)和大豆胰蛋白酶抑制剂(链B)复合物结构为例为大家进行演示。PDB ID为1AVX,复合物结构下载后经过预处理(加氢、去水、补全缺失残基、能量最小化等)并保存为1AVX.pdb...
现在我们就已经将蛋白-蛋白相互作用界面的氨基酸残基单独显示了出来,并且以颜色进行了区分。 下一步就是寻找相互作用,我们同时选中A链和B链距离彼此5 Å范围内的氨基酸残基。可以通过以下方法实现:在菜单栏点击“Select>Named Selections>ChainA_Interaction”选中A链部分,然后点击“Select>Selections Mode>append”将选择...
利用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用界面作用力UCSF Chimera是一个强大的工具，用于深入理解蛋白-蛋白相互作用的细节。本文以猪胰蛋白酶链A（1AVX中的链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂链B的复合物为例，讲解如何通过软件进行分析。首先，从PDB数据库下载1AVX结构文件，预处理后保存为1AVX.pdb。在Chimera中，...
本文将向您展示如何使用UCSF Chimera软件来分析蛋白-蛋白相互作用界面的力。我们以1AVX猪胰蛋白酶（链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂（链B）复合物为例。首先，从PDB数据库下载结构（1AVX），对下载的复合物进行预处理，如加氢、去水、补全残基和能量最小化，然后保存为1AVX.pdb文件。在UCSF Chimera中，用户...
用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能 的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关 键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM -PBSA 、统计平均势以及不同的相互作用自由能模 型,可以...
蛋白质相互作用: 界面分析, 结合自由能计算与相互作用设计白红军 来鲁华*(北京大学化学与分子工程学院, 分子动态与稳态结构国家重点实验室, 北京分子科学国家实验..
计算蛋白质相互作用自由能.利用蛋白质相互作用界面的特点,从不同的角度进行蛋白 质相互作用对的设计与改造,近年来已经有了不少成功的例子,但还存在着很大的挑战.我们认为在今后的蛋白 质相互作用设计中,考虑各种因素对蛋白质结合与解离的动力学过程的影响将有助于提高人类控制蛋白质相互 作用的能力. 关键词:蛋白质...