该工作介绍了一个基于人工智能框架UniBind,该框架利用深度学习和蛋白质结构分析来预测SARS-CoV-2的刺突蛋白突变的影响。该工作强调了在病毒宿主相互作用和新的SARS-CoV-2变体出现中理解蛋白质相互作用的重要性。UniBind整合了蛋白质三维结构和结合亲和力数据,预测了刺突蛋白突变如何影响其与人类ACE2受体和中和抗体的结合...
以作者开发的从蛋白质结合部位推导出其界面所具有的疏水性质和氢键性质的计算程序PP_SITE为基础,利用蛋白质结构数据库(PDB),对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行了统计分析.从PDB中挑出非冗余的链间相互作用对,计算出这个数据集中所有链间界面的疏水和氢键相互作用特征.对得到的界面特征进行统计分析,寻找能够明显聚类的...
蛋白质-蛋白质相互作用研究中所使用蛋白质的浓度通常在0.1~1mmol/L。然而,近年来的技术进步如高磁场(900MHz,1GHz)和冷冻探头大幅度地提高了检测灵敏度,使得在微摩尔浓度范围用NMR研究蛋白质成为可能。鉴于NMR灵敏度的限制,NMR信号通常要平均许多次来提高信噪比( signal to noisewratio,s/Nratio)。信噪比随着信号平...
该工作介绍了一个基于人工智能框架UniBind,该框架利用深度学习和蛋白质结构分析来预测SARS-CoV-2的刺突蛋白突变的影响。该工作强调了在病毒宿主相互作用和新的SARS-CoV-2变体出现中理解蛋白质相互作用的重要性。UniBind整合了蛋白质三维结构和结合亲和力数据,预测了刺突蛋白突变如何影响其与人类ACE2受体和中和抗体的结合...
在过去的几十年中,以质谱(MS)为基础的蛋白质组学已经成为鉴定蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPIs)的重要技术。蛋白质通过与其它蛋白质或化合物相互作用,形成大分子化合物,从而发挥生物学功能。对蛋白质相互作用的研究能够帮助我们更好的理解蛋白质。当通过IP, CO IP或GST pull-down等蛋白质相互作用分析手段,获得靶标...
常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合,也可用于确定一种特定蛋白的新的作用蛋白。缺点:可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质-蛋白质相互作用。(3)GST沉降技术原理:将细菌表达的谷胱甘肽S-转移酶 (GST)融合蛋白作为探针,与溶液中的特异性蛋白结合,然后根据谷胱甘肽琼脂糖珠能够沉淀GST融合蛋白的能力来确定与融合蛋白...
当蛋白质与小分子(如药物或代谢物)、多肽、核酸和蛋白质相互作用,蛋白的三维结构会发生改变,进而影响蛋白的热稳定性,热融曲线随之发生变化。热蛋白质组学分析可以根据热熔曲线的变化来判断蛋白质是否和小分子发生相互作用并预测小分子结合的直接靶点及间接靶点的信息。
在过去的几十年中,以质谱(MS)为基础的蛋白质组学已经成为鉴定蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPIs)的重要技术。蛋白质通过与其它蛋白质或化合物相互作用,形成大分子化合物,从而发挥生物学功能。对蛋白质相互作用的研究能够帮助我们更好的理解蛋白质。当通过IP, CO IP或GST pull-down等蛋白质相互作用分析手段,获得靶标...
《蛋白质－蛋白质相互作用的电化学分析》是依托南京大学，由李根喜担任项目负责人的重点项目。项目摘要 虽然蛋白质参与了几乎所有的生命活动，但研究表明，每个蛋白质并不是独立地、而是通过相互作用来完成特定的生物学功能，对蛋白质－蛋白质相互作用的分析与表征可揭示许多生命活动的信息，拓展生物传感体系，发展新的...