现成的蛋白-蛋白界面分析的python命令文档确实有,不知道核酸-蛋白有没有 03:10 【运行Python代码】 【在命令框输入命令分析】 06:46 【分析氢键相互作用】 07:43 【分析非极性相互作用】 只能通过测量距离判断是否属于非极性相互作用的范围 09:28 【放假原子】 测量好之后点击完成!!! 不然会一直处在测量模式 【...
利用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用界面作用力本期内容一木为大家分享使用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用分析。我们以猪胰蛋白酶(链A)和大豆胰蛋白酶抑制剂(链B)复合物结构为例为大家进行演示。PDB ID为1AVX,复合物结构下载后经过预处理(加氢、去水、补全缺失残基、能量最小化等)并保存为1AVX.pdb...
本文将以甲型流感病毒H1N1亚型血凝素/人工设计的HA结合蛋白结合复合物(PDB:3R2X)为例,介绍如何利用Rosetta中InterfaceAnalyzer来快速分析蛋白-蛋白相互作用,并提取有价值的信息。 InterfaceAnalyzer的主要应用: 蛋白-蛋白分子对接 蛋白-蛋白相互作用界面突变设计 蛋白-蛋白相互作用界面分析 注意: InterfaceAnalyzer不可用于...
PPI-蛋白质相互作用 lylimbo 6039 3 05:32 检测蛋白蛋白相互作用的方法 Methods to detect protein-protein interactions (PPIs) wudixiaof 1101 0 1:49:12 蛋白-蛋白相互作用预测及技术合集Protein Protein Interaction wudixiaof 9130 0 24:07 【生信进阶之路|技能篇10】Pymol 蛋白质结构可视化 bio...
用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能 的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关 键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM -PBSA 、统计平均势以及不同的相互作用自由能模 型,可以...
利用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用界面作用力UCSF Chimera是一个强大的工具，用于深入理解蛋白-蛋白相互作用的细节。本文以猪胰蛋白酶链A（1AVX中的链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂链B的复合物为例，讲解如何通过软件进行分析。首先，从PDB数据库下载1AVX结构文件，预处理后保存为1AVX.pdb。在Chimera中，...
本文将向您展示如何使用UCSF Chimera软件来分析蛋白-蛋白相互作用界面的力。我们以1AVX猪胰蛋白酶（链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂（链B）复合物为例。首先，从PDB数据库下载结构（1AVX），对下载的复合物进行预处理，如加氢、去水、补全残基和能量最小化，然后保存为1AVX.pdb文件。在UCSF Chimera中，用户...
蛋白质相互作用: 界面分析, 结合自由能计算与相互作用设计白红军 来鲁华*(北京大学化学与分子工程学院, 分子动态与稳态结构国家重点实验室, 北京分子科学国家实验..
蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能 的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关 键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM—PBSA、统计平均势以及不同的相互作用 自由能模 型,可以在不同的精度上...
界面分析相关突变疏水性和氢键是蛋白质-蛋白质相互作用中的主要因素.提出一种新的计算方法,从蛋白受体的结合部位推导出蛋白配体相应部位应该具有的疏水性质和氢键性质.应用这种方法可以很容易地找出影响相互作用的关键残基,并且将界面的这两种特征用图形软件显示出来.在应用到实际蛋白-蛋白相互作用中时,发现它的用途并不...