现成的蛋白-蛋白界面分析的python命令文档确实有,不知道核酸-蛋白有没有 03:10 【运行Python代码】 【在命令框输入命令分析】 06:46 【分析氢键相互作用】 07:43 【分析非极性相互作用】 只能通过测量距离判断是否属于非极性相互作用的范围 09:28 【放假原子】 测量好之后点击完成!!! 不然会一直处在测量模式 【...
本文将以甲型流感病毒H1N1亚型血凝素/人工设计的HA结合蛋白结合复合物(PDB:3R2X)为例,介绍如何利用Rosetta中InterfaceAnalyzer来快速分析蛋白-蛋白相互作用,并提取有价值的信息。 InterfaceAnalyzer的主要应用: 蛋白-蛋白分子对接 蛋白-蛋白相互作用界面突变设计 蛋白-蛋白相互作用界面分析 注意: InterfaceAnalyzer不可用于...
利用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用界面作用力本期内容一木为大家分享使用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用分析。我们以猪胰蛋白酶(链A)和大豆胰蛋白酶抑制剂(链B)复合物结构为例为大家进行演示。PDB ID为1AVX,复合物结构下载后经过预处理(加氢、去水、补全缺失残基、能量最小化等)并保存为1AVX.pdb...
3. PPI 界面的预测:一旦预测了目标蛋白的结构,就可以通过将目标蛋白中的残基位置与模板蛋白中已知参与相互作用的残基位置进行比较来预测相互作用界面。 同源建模预测 PPI 界面的优点在于其快速且经济高效的方法,允许预测在实验条件下尚无已知结构的蛋白质的 PPI 界面,可以深入了解蛋白质-蛋白质相互作用的分子基础,从而...
现在我们就已经将蛋白-蛋白相互作用界面的氨基酸残基单独显示了出来,并且以颜色进行了区分。 下一步就是寻找相互作用,我们同时选中A链和B链距离彼此5 Å范围内的氨基酸残基。可以通过以下方法实现:在菜单栏点击“Select>Named Selections>ChainA_Interaction”选中A链部分,然后点击“Select>Selections Mode>append”将选择...
蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)对于生物过程至关重要,预测这些相互作用的位点对于计算和实验应用都很重要。 杜克大学(Duke University)和康奈尔大学(Cornell University)的研究人员提出了一种与结构无关的语言Transformer和肽优先级(Structure-agnostic Language Transformer and Peptide Prioritization,SaLT&PepPr)管线,用于仅根...
利用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用界面作用力UCSF Chimera是一个强大的工具，用于深入理解蛋白-蛋白相互作用的细节。本文以猪胰蛋白酶链A（1AVX中的链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂链B的复合物为例，讲解如何通过软件进行分析。首先，从PDB数据库下载1AVX结构文件，预处理后保存为1AVX.pdb。在Chimera中，...
疏水性和氢键是蛋白质-蛋白质相互作用中的主要因素.提出一种新的计算方法,从蛋白受体的结合部位推导出蛋白配体相应部位应该具有的疏水性质和氢键性质.应用这种方法可以很容易地找出影响相互作用的关键残基,并且将界面的这两种特征用图形软件显示出来.在应用到实际蛋白-蛋白相互作用中时,发现它的用途并不限于此.它可以...
蛋白质疏水界面的蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质-蛋白质相互作用是指蛋白质在特定条件下形成的相互作用,主要包括疏水相互作用、氢键相互作用、电荷相互作用和范德华力相互作用等。其中疏水相互作用是指蛋白质中亲水基团(如羟基、胺基)趋向于水,而疏水基团(如烷基、苯环)趋向于相互聚集在一起,形成疏水界面,从而促进蛋白...
本文将向您展示如何使用UCSF Chimera软件来分析蛋白-蛋白相互作用界面的力。我们以1AVX猪胰蛋白酶（链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂（链B）复合物为例。首先，从PDB数据库下载结构（1AVX），对下载的复合物进行预处理，如加氢、去水、补全残基和能量最小化，然后保存为1AVX.pdb文件。在UCSF Chimera中，用户...