今天为大家介绍一篇发表在nature communications上的论文，“Harnessing protein folding neural networks for peptid-protein docking”. 文章证明AlphaFold2除了能够进行结构预测之外，还可以快速准确地模拟多肽-蛋白质相互作用。在不需要多肽的多序列比对信息的情况下，作者应用AlphaFold2成功建模出多肽-蛋白质复合体，并且还...
多肽与蛋白对接后的亲和力为-3.4 kcal/mol。 从三维和二维相互作用图中可以看出,多肽完美地对接到蛋白的活性口袋中。 两者之间形成了8个氢键和多个疏水相互作用的氨基酸。 特别地,多肽第三位的精氨酸(经过对称性甲基化修饰)与蛋白第489位的天冬氨酸形成了盐桥。📝 结论: 根据以上结果,多肽与蛋白之间具有紧密的相...
多肽比小分子具有更大的柔性和分子量，适用于此体系的对接方法较少，为评估现有可用的蛋白-多肽对接程序，巴西国家科学计算实验室Laurent E. Dardenne团队基于蛋白-多肽基准数据集LEADS-PEP对DockThor及另外七种对接程序AutoDock、AutoDock Vina、Surflex-Dock、GOLD、Glide、rDock和HPepDock进行了性能评估。蛋白-多肽基...
首先采用CABS-dock进行刚性对接, 挑选若干复合物进行分子动力学模拟,然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。 相对于明确位点的对接方式来说,盲对接的花费较大。因此,建议尽量通过文献报道、实验数据确定作用残基后再进行对接,选择最好的复合物进行下一步计算; 以下网站(软件)也可进行蛋白多肽对接:MDockPeP...
天玑算 | 分子动力学:对接计算引导增强抗病毒感染免疫应答 天玑算-科研服务 213 0 天玑算 | 分子动力学:分子动力学建模基础(MD+Lammps) 天玑算-科研服务 664 0 天玑算 |分子动力学:长链聚合物参数化(二)(MD+Gromacs) 天玑算-科研服务 297 0 天玑算 | 分子动力学:纳米金刚石颗粒接触方式研究 天玑算-...
其实除此之外,还可以根据网站上的预测结果文件在本地使用ZDOCK产生大量的复合物构象系综。根据复合物的构象系综可以获得局部能量最小的稳定复合物构象。包括用于生成大规模的蛋白-蛋白、蛋白-多肽及蛋白-核酸相互作用的构象系综。本文将介绍如何使用 ZDOCK 进行大规模构象生成及其在生物分子研究中的重要应用。
蛋白与多肽对接步骤啊,这个其实挺复杂的,简单来说就是: 首先要准备好蛋白和多肽的分子模型,这通常是通过计算机模拟软件来完成的。 然后,利用特定的对接软件,比如AutoDock、Docking等,将多肽分子与蛋白分子进行初步的对接尝试。 接下来,根据对接结果,评估多肽与蛋白之间的相互作用力,比如氢键、疏水作用等,来确定最佳的对...
蛋白-多糖分子对接4.1蛋白-多糖相互作用4.2对接处理的要点4.3蛋白-多糖分子对接的流程4.4蛋白-多糖分子对接4.5相关结果分析以α-糖苷转移酶和多糖分子对接为例4.核酸-小分子对接4.1核酸-小分子的应用现状4.2相关的程序介绍4.3核酸-小分子的结...
能够进入蛋白空腔的小肽,如果是虚拟筛选推荐先使用LibDock然后再使用CDOCKER进行精细化对接,初步确定结合残基后然后最后用高精度的Flexible Docking进行柔性对接;针对不能进入蛋白空腔的多肽,这一般在蛋白表面进行结合,如司美格鲁肽此时应当ZDOCK进行对接,由于ZDOCK为刚性对接,对接精度受限于多肽的输入结构,建议使用同源建模、...
使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算，研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。预备知识 分子对接的算法流程 将配体放置在受体口袋中，搜索/调整配体构象，获得可能的结合构象；对每种结合构象进行打分评估，筛得若干最佳打分构象，称为 姿势（Pose）或 模式（Mode）。定义口袋 该步骤的目的是告知...