在不需要多肽的多序列比对信息的情况下，作者应用AlphaFold2成功建模出多肽-蛋白质复合体，并且还可以处理配体结合诱导的受体构象变化。1研究背景 多肽-蛋白质相互作用对许多生物过程十分重要，多肽常通过结合蛋白质和介导或阻断相互作用，作为治疗药物应用于生物技术、药物传递、成像等等。确定这些多肽-蛋白质复合物的三维...
2.涉及金属酶蛋白的对接 2.1 金属酶蛋白-配体的背景介绍 2.2蛋白与配体分子的收集与预处理 2.3金属离子的处理 2.4金属辅酶蛋白-配体的对接 2.5结果分析 以人类法尼基转移酶及其抑制剂为例 3.蛋白-多糖分子对接 4.1蛋白-多糖相互作用 4.2对接处理的要点 4.3蛋白-多糖分子对接的流程 4.4蛋白-多糖分子对接 4.5相关结果...
多肽与蛋白对接后的亲和力为-3.4 kcal/mol。 从三维和二维相互作用图中可以看出,多肽完美地对接到蛋白的活性口袋中。 两者之间形成了8个氢键和多个疏水相互作用的氨基酸。 特别地,多肽第三位的精氨酸(经过对称性甲基化修饰)与蛋白第489位的天冬氨酸形成了盐桥。📝 结论: 根据以上结果,多肽与蛋白之间具有紧密的相...
首先采用CABS-dock进行刚性对接, 挑选若干复合物进行分子动力学模拟,然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。 相对于明确位点的对接方式来说,盲对接的花费较大。因此,建议尽量通过文献报道、实验数据确定作用残基后再进行对接,选择最好的复合物进行下一步计算; 以下网站(软件)也可进行蛋白多肽对接:MDockPeP...
在薛定谔多肽蛋白对接中,首先需要构建多肽和蛋白质的三维结构模型。然后,将多肽和蛋白质视为两个分子系统,利用薛定谔方程描述它们之间的相互作用。通过求解薛定谔方程,可以得到多肽和蛋白质之间的能量和波函数等信息。 在对接过程中,需要考虑多种因素,如氢键、范德华力、静电相互作用等。通过对这些相互作用进行模拟和分析...
天玑算 | 分子动力学:两个多肽和蛋白的对接动力学模拟, 视频播放量 285、弹幕量 0、点赞数 3、投硬币枚数 2、收藏人数 1、转发人数 0, 视频作者 天玑算-科研服务, 作者简介 模拟计算、超算租用、实验测试,为您提供整体解决方案,对计算数据负责到底,电话:19141301269,
薛定谔多肽蛋白对接利用计算机模拟蛋白质间的相互作用,通过计算和预测来预测蛋白质的结构和功能。薛定谔多肽蛋白对接技术基于薛定谔方程,通过求解多肽蛋白质的波函数,得到其能量、振动频率等信息,从而预测其结构和功能。 薛定谔多肽蛋白对接技术的核心是分子力场模型和对接算法。分子力场模型是用于描述蛋白质分子的能量和力的...
多肽比小分子具有更大的柔性和分子量，适用于此体系的对接方法较少，为评估现有可用的蛋白-多肽对接程序，巴西国家科学计算实验室Laurent E. Dardenne团队基于蛋白-多肽基准数据集LEADS-PEP对DockThor及另外七种对接程序AutoDock、AutoDock Vina、Surflex-Dock、GOLD、Glide、rDock和HPepDock进行了性能评估。蛋白-多肽...
pymol-展示配体分子与蛋白结合的模式 材料蛋白:1STP 软件:PyMOL(TM) 2.3.0 (Edu) 目的使用pymol展示配体分子与蛋白结合的模式 步骤1:蛋白导入此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB官网下载文件,或者直接在命令行框中输入 fe… ZeroD...发表于DrugS... PatchMAN docking: 基于受体表面motif匹配的多肽对接预测 谷雨...
使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算，研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。预备知识 分子对接的算法流程 将配体放置在受体口袋中，搜索/调整配体构象，获得可能的结合构象；对每种结合构象进行打分评估，筛得若干最佳打分构象，称为 姿势（Pose）或 模式（Mode）。定义口袋 该步骤的目的是告知...