Nat.Commun | 应用AlphaFold2进行多肽-蛋白质对接 今天为大家介绍一篇发表在nature communications上的论文,“Harnessing protein folding neural networks for peptid-protein docking”. 文章证明AlphaFold2除了能够进行结构预测之外,还可以快速准确地模拟多肽-蛋白质相互
实际上,在新药研发、抗体与疫苗设计以及信号转导调控等领域,蛋白-多肽对接同样发挥着至关重要的作用。以胰岛素和GLP-1(司美格鲁肽)为代表的多肽类药物更是在市场上展现出了巨大的应用潜力和广阔前景。因此,今天将以ClusPro 的Peptide Docking 模块为例,演示蛋白-多肽对接的具体操作流程,并通过PyMol对结果进行可视化分...
在薛定谔多肽蛋白对接中,首先需要构建多肽和蛋白质的三维结构模型。然后,将多肽和蛋白质视为两个分子系统,利用薛定谔方程描述它们之间的相互作用。通过求解薛定谔方程,可以得到多肽和蛋白质之间的能量和波函数等信息。 在对接过程中,需要考虑多种因素,如氢键、范德华力、静电相互作用等。通过对这些相互作用进行模拟和分析...
SOX9因为IDR domain太多,完整的结构基本无法预测,所以从多肽SLiM着手,分段预测,分而治之。 用的是LightDock这个对接工具,非常好用,速度也很快,50个多肽和1个蛋白的对接,时间可以控制在半天之内。 https://lightdock.org/tutorials/0.9.3/basics 最终的汇总PPT,Downloads/SOX9-B1 docking/SOX9-B1 interaction.pptx ...
薛定谔多肽蛋白对接利用计算机模拟蛋白质间的相互作用,通过计算和预测来预测蛋白质的结构和功能。薛定谔多肽蛋白对接技术基于薛定谔方程,通过求解多肽蛋白质的波函数,得到其能量、振动频率等信息,从而预测其结构和功能。 薛定谔多肽蛋白对接技术的核心是分子力场模型和对接算法。分子力场模型是用于描述蛋白质分子的能量和力的...
操作流程介绍及实战演示第四天拓展对接的使用方法1.柔性对接1.1柔性对接的使用场景介绍1.2柔性对接的优势1.3蛋白-配体的柔性对接重点:柔性残基的设置方法1.4相关结果的分析以周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)与配体1CK为例2.共价对接2.1两种共价对...
经过修改后,如果多肽能被识别为配体,则可以使用LibDock、CODKER、Flexible Docking等对接程序进行对接,如果不能被识别为小分子,则使用ZDOCK进行对接。 一般建议: 能够进入蛋白空腔的小肽,如果是虚拟筛选推荐先使用LibDock然后再使用CDOCKER进行精细化对接,初步确定结合残基后然后最后用高精度的Flexible Docking进行柔性对接;...
多肽比小分子具有更大的柔性和分子量，适用于此体系的对接方法较少，为评估现有可用的蛋白-多肽对接程序，巴西国家科学计算实验室Laurent E. Dardenne团队基于蛋白-多肽基准数据集LEADS-PEP对DockThor及另外七种对接程序AutoDock、AutoDock Vina、Surflex-Dock、GOLD、Glide、rDock和HPepDock进行了性能评估。蛋白-多肽...
使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算，研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。预备知识 分子对接的算法流程 将配体放置在受体口袋中，搜索/调整配体构象，获得可能的结合构象；对每种结合构象进行打分评估，筛得若干最佳打分构象，称为 姿势（Pose）或 模式（Mode）。定义口袋 该步骤的目的是告知...
蛋白与多肽对接步骤啊,这个其实挺复杂的,简单来说就是: 首先要准备好蛋白和多肽的分子模型,这通常是通过计算机模拟软件来完成的。 然后,利用特定的对接软件,比如AutoDock、Docking等,将多肽分子与蛋白分子进行初步的对接尝试。 接下来,根据对接结果,评估多肽与蛋白之间的相互作用力,比如氢键、疏水作用等,来确定最佳的对...