今天为大家介绍一篇发表在nature communications上的论文，“Harnessing protein folding neural networks for peptid-protein docking”. 文章证明AlphaFold2除了能够进行结构预测之外，还可以快速准确地模拟多肽-蛋白质相互作用。在不需要多肽的多序列比对信息的情况下，作者应用AlphaFold2成功建模出多肽-蛋白质复合体，并且还...
多肽蛋白质对接复合物方法proteindocking 摘要 摘要 分子对接方法目前已经成为研究分子间相互关系的重要方法,所谓分子对 接就是已知两个分子的三维结构,考察它们之间是否可以结合,并预测复合物 的结合模式。通常热力学上认为生物分子的稳定构象是自由能最低的构象,因此,分子对接的目的就是找到能量最低的构象。科学家对生...
蛋白质与蛋白质之间的对接方法,但介于两者之间的蛋白质与多肽的对接方法仍 然不多,由于很多的生物功能都是通过生物多肽与蛋白质的相互作用而产生的, 例如芋螺毒素与烟碱型乙酰胆碱受体及钾离子通道的作用,蝎毒与钾离子通道的 相互作用等,而且目前新药开发已经从化合物发展到了多肽类药物,多肽类药物 ...
内容提示: 第27卷第6期2010年6月28同计算机与应用化学Com putersandAppl i edChem i stryV.01.27.N o.6J une.2010多肽与蛋白质对接的研究进展戚兴保,郑珩‘ ,方慧生’( 中国药科大学生命科学与技术学院,江苏,南京,210009)摘要:多肽类药物具有生理活性强、免疫原性低、疗效高等优点,在临床治疗上有着广阔的...
多肽–蛋白质的相互作用在生物细胞中发挥着各种各样重要的作用.通常情况下,它们之间的结合信息是未知的.所以,利用计算方法预测结合位点具有重要意义.而以Rosetta为代表的常用对接软件通常具有很强的初始位置依赖性.为克服这一局限性,本研究提出了一种全局对接的方法,以受体蛋白为球状系统的中心,将多肽平均地分布在球面...
2. 分子对接软件(Autodock) 使用 2.1半柔性对接 2.1.1 小分子配体优化准备 2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.1.3 蛋白受体格点计算 2.1.4 半柔性对接计算 2.2对接结果评价 2.2.1 晶体结构构象进行对比 2.2.2 能量角度评价对接结果 2.2.3 聚类分析评价对接结果 2.2.4 最优结合构象的选择 2.2.5 已知活性化...
多肽–蛋白质的相互作用在生物细胞中发挥着各种各样重要的作用。通常情况下,它们之间的结合信息是未知的。所以,利用计算方法预测结合位点具有重要意义。而以Rosetta为代表的常用对接软件通常具有很强的初始位置依赖性。为克服这一局限性,本研究提出了一种全局对接的方法,以受体蛋白为球状系统的中心,将多肽平均地分布在球...
刚开始时尝试autodock，但由于配体太大，对接结果很不理想，希望哪位能帮忙推荐一种适合蛋白质与多肽对...
小分子多肽与蛋白质对接软件,该软件著作登记号为:2023SR0848388,属于分类,想要查询更多关于小分子多肽与蛋白质对接软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
作者提出一种多肽-蛋白质对接方法,该方法结合生物学概念,将相互作用模拟为蛋白质折叠,并利用训练好的神经网络来预测单体蛋白质结构。实验表明,通过将多肽连接到受体,神经网络会生成准确的多肽-蛋白质复合结构。这一性能的实现要归功于AF2能够 (1) 准确识别非结构化区域并将它们建模为linker,以及 (2) 预测多肽-受体...