多肽比小分子具有更大的柔性和分子量，适用于此体系的对接方法较少，为评估现有可用的蛋白-多肽对接程序，巴西国家科学计算实验室Laurent E. Dardenne团队基于蛋白-多肽基准数据集LEADS-PEP对DockThor及另外七种对接程序AutoDock、AutoDock Vina、Surflex-Dock、GOLD、Glide、rDock和HPepDock进行了性能评估。蛋白-多肽基...
同时作者发现,蛋白-多肽对接软件的表现普遍好于蛋白-蛋白和蛋白-小分子对接软件,用多种不同初始构象进行对接是成功的关键;而对于不同长度的多肽,局部对接中:ADCP对短肽5-10表现最好,而对中等11-15和长的多肽16-20,GOLD_HA和MDockPeP分别表现最好。 对于需要较大构象变化的的多肽对接,依然是具有挑战的课题,作者...
材料蛋白:1STP 软件:PyMOL(TM) 2.3.0 (Edu) 目的使用pymol展示配体分子与蛋白结合的模式 步骤1:蛋白导入此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB官网下载文件,或者直接在命令行框中输入 fe… ZeroD...发表于DrugS... PatchMAN docking: 基于受体表面motif匹配的多肽对接预测 谷雨发表于Roset... Nat. Mach. Intel...
丹港蛋白-多肽对接软件是由武汉丹港生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1802313,属于分类,想要查询更多关于丹港蛋白-多肽对接软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
软件名称小分子多肽与蛋白质对接软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2023SR0848388分类号- 著作权人深圳职业技术学院首次发表日期2023-01-10 登记日期2023-07-18 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12023-10-30专色配方预测及评价软件专色配色2023SR1339411V1.0 ...
用途使用ucsfdock6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。预备知识分子对接的算法流程1.将配体放置在受体口袋中,搜索/调整配体构象,获得可能的结合构象;2.对每种结合构象进行打分评估,筛得若干最佳打分构象,称为姿势(pose)或
刚开始时尝试autodock，但由于配体太大，对接结果很不理想，希望哪位能帮忙推荐一种适合蛋白质与多肽对...
作者在此测试集上对14种常见对接软件,包括:三个蛋白-蛋白对接软件(ZDOCK, FRODOCK, and HawkDock),三个蛋白-小分子对接软件(GOLD, Surflex-Dock, and AutoDock Vina),以及八个蛋白-多肽对接软件(GalaxyPepDock, MDockPeP, HPEPDOCK,CABS-dock, pepATT...
同时作者发现,蛋白-多肽对接软件的表现普遍好于蛋白-蛋白和蛋白-小分子对接软件,用多种不同初始构象进行对接是成功的关键;而对于不同长度的多肽,局部对接中:ADCP对短肽5-10表现最好,而对中等11-15和长的多肽16-20,GOLD_HA和MDockPeP分别表现最好。
JCIM | 蛋白-多肽对接软件的基准测试 引言 蛋白-多肽相互作用涉及许多细胞生理和病理过程,大多数治疗性多肽因其具有高生物活性和低毒性而广受制药业青睐。分子对接作为基于结构的药物设计(SBDD)中的重要工具,在理性药物设计领域帮助开发了许多新的安全药物。多肽比小分子具有更大的柔性和分子量,适用于此体系的对接方法...