在生物学和化学研究中,分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟已成为一种不可或缺的工具,用于研究蛋白质的结构与动态行为。通过 MD 模拟,研究者可以以原子分辨率探索蛋白质的构象变化、配体结合机制以及蛋白质功能的内在动力学基础。尤其是针对纯标准蛋白质体系的模拟,这种方法为解析蛋白质在天然状态下的动态特性提供...
(1)根据上述流程已经获得了配体小分子的gromacs.gro和gromacs.top文件以及受体蛋白的build.gro和topol.top文件。接下来我们需要从这四个文件出发对蛋白和配体的gro文件合并生成复合物的gro文件,对他们的top文件进行处理生成各自的itp文件以及创建总的包含蛋白和配体itp的topol.top文件。 (2)合并配体小分子和蛋白的gro文...
🔧 蛋白晶体的准备:确保模拟起点正确 🧬 初始构象的准备:为模拟打下坚实基础 📖 配体分子力场拓扑文件的准备:确保配体与蛋白的相互作用准确描述🌡️ 对复合物体系温度和压力的限制预平衡:模拟前的重要步骤 🏎️ 无限制的分子动力学模拟:开始真正的动态模拟过程📈 分子动力学结果展示与解读:从数据中提取...
RMSF计算每个原子相对于其平均位置的涨落, 表征了结构的变化对时间的平均, 给出了蛋白各个区域柔性的表征, 对应于晶体学中的b因子(温度因子). 通常, 我们预期RMSF和温度因子类似, 这可以用于考察模拟结果是否与晶体结构符合。 3、体系的总势能变化曲线分析 gmx energy -f hot_sample.edr -o potential.xvg 可以看...
Amber学习第七天:蛋白分子动力学的模拟 1.系统的准备: 假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件:除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的数据(不包括晶体水),然后增加TER标签在蛋白链间和改变一些氨基酸的名字如:HIS to HIE, HID or HIP;和CYS。
GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
蛋白质分子动力学模拟基于牛顿力学原理和统计力学原理,通过数值计算模拟蛋白质分子的运动轨迹。模拟过程中,蛋白质分子被看作是由一系列质点组成的系统,每个质点代表一个氨基酸残基或其他重要的结构单元。通过计算每个质点所受到的力和力矩,可以得到蛋白质分子的运动轨迹。 蛋白质分子动力学模拟的基本步骤包括:选择合适的蛋...
【殷赋云教程】蛋白与小分子的分子动力学模拟(显式溶剂) 1. 前言 分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟技术的一个广泛应用是研究蛋白与小分子之间的相互作用。本教程讲述如何使用殷赋云平台的大方案和小工具,实现蛋白与小分子复合物的MD模拟。 在模拟开始前,须事先准备好两者的复合物的初始结构。在实际研究中,...
分子动力学模拟是利用计算机模拟分子系统中原子、分子之间相互作用,模拟分子的运动和结构等方面的一种方法。它的基本思想是通过牛顿运动定律和经典力场描述分子中原子和分子之间的相互作用,以改变分子系统的初始构型,计算出分子系统在不同时间点的构型和性质。 2、蛋白质分子动力学建模 蛋白质是生物体内一类复杂的大分子...
在纯标准蛋白质体系中进行分子动力学模拟,是构建复杂生物体系模拟的基础,同时也是探索蛋白质折叠、稳定性、配体结合和构象变化等现象的起点。Gromacs 作为分子动力学模拟的主流软件,以其高效、灵活和开源的特点,广泛应用于生物物理和生物化学领域。掌握 Gromacs 进行纯蛋白质体系模拟的流程非常必要。